Le 3 mars 1847, N. A. de Salvandy (1795-1856), ministre de l’Instruction publique, écrit au maire de Besançon que le local occupé par le recteur est extrêmement vaste, mais que seules les salles situées sur le jardin sont en bon état d’appropriation. Leur luxe tranche même d’une manière ridicule avec l’aspect de ruine et d’abandon de la partie située entre les deux cours. Celle-ci est restée jusqu’alors sans emploi, à part une chambre à coucher, « quoique pour un recteur pourvu d’une famille nombreuse, il y ait réellement insuffisance de cette dernière sorte de chambres »¹.

Répondant à cette commande, le 5 mai 1847, Alphonse Delacroix, dessine un plan de l’appartement du recteur de l’académie avec indication, par une teinte rouge, des améliorations que cet appartement est susceptible de recevoir. Il précise que celui-ci a été créé dans le but de déterminer comment les divers services de la faculté des lettres, de la faculté des sciences, du conseil académique, des bureaux et de l’appartement du recteur pourraient être disposés avec le plus d’avantages dans les bâtiments des anciens bénédictins ; et enfin, comment cet appartement pourrait être amélioré par la création de chambres à coucher supplémentaires.

Entre la cour du cloître et la petite cour « particulière » du recteur, le projet consiste, côté cloître, en une nouvelle cuisine complétée par un office, une chambre pour la cuisinière et un « cabinet à coucher » et, côté petite cour, à la suite de la « chambre de madame » désormais dotée d’une cheminée, en deux autres chambres à coucher, dont une avec alcôve et cabinet de toilette.