Dès la seconde moitié du XVIe siècle, à Besançon, ville impériale, la séparation entre barbiers et chirurgiens est effective. Plusieurs ordonnances municipales réglementent l’exercice des professions de médecin, d’apothicaire et de chirurgien et un statut autonome est donné à la maîtrise des chirurgiens1. En 1692, Louis XIV (1638-1715) crée les charges, vénales et héréditaires, de chirurgiens jurés royaux. Leur rôle consiste à apprécier les capacités des aspirants chirurgiens qui souhaitent accéder à la maîtrise. En 1698, les statuts de la maîtrise des chirurgiens de Besançon sont édictés. Ils fixent les conditions d’admission, d’apprentissage et d’examens des aspirants2. Transféré quelques années plus tôt de la ville de Dole, l’enseignement de la chirurgie reste indépendant de l’université.
Louis XV (1710-1774), quant à lui, favorise l’émancipation de la chirurgie. Il en organise l’enseignement et supprime les charges de chirurgiens jurés royaux. Dans les provinces, les lieutenants du premier chirurgien du roi sont désormais responsables de la validation des grades de chirurgien. En 1731, Louis XV crée la société académique de chirurgie qui, en 1748, devient l’académie royale de chirurgie. Pour l’enseignement, la décision la plus importante est la création, sous l’influence du premier chirurgien du roi Germain Pichault de La Martinière (1697-1783), des écoles royales de chirurgie, situées dans les grandes villes de province, sur le modèle de l’école de chirurgie parisienne.
Une lettre patente du 20 juin 17733 institue l’école royale de chirurgie de Besançon. Les cours ont lieu dans une maison près de l’hôpital du Saint-Esprit, et la formation se déroule sur trois ans. L’admission à la maîtrise s’effectue après un an de formation théorique et trois ans de formation pratique auprès d’un maître chirurgien ou dans un hôpital. Les cours, répartis sur l’année, sont publics et gratuits, et l’assiduité des aspirants chirurgiens est contrôlée. Les séances de dissection anatomique se déroulent durant la période hivernale. L’obtention de la maîtrise nécessite la passation de dix examens. Les couloirs de l’hôpital Saint-Jacques se remplissent de garçons chirurgiens en cours de validation de leur formation pratique. Beaucoup plus nombreux que les élèves médecins, ils sont davantage préoccupés par les aspects purement théoriques de leur discipline. Le rapprochement avec l’université est matérialisé par la présence du doyen de la faculté de médecine à certains examens et à la prestation de serment de l’aspirant chirurgien.
Les différentes lettres patentes de 1773 désignent également les six professeurs-démonstrateurs royaux de la nouvelle école royale de chirurgie. Ils sont tous membres du collège de chirurgie de Besançon et licenciés en médecine. Est confié à Anatoile François Nedey (1728-1794) le cours sur les accouchements. Jacques Philippe Sussy (1716-1798), lieutenant du premier chirurgien du roi et chirurgien de l’hôpital Saint-Jacques, enseigne les opérations. Claude Lupicin Gras (1738-1805), chirurgien de l’hôpital du Saint-Esprit, est chargé du cours d’ostéologie et de maladies des os. Frédéric Boulanger (1741-1799), chirurgien major au fort Griffon, et Pierre Jacques Morel (1736-1815), chirurgien à l’hôpital militaire de Besançon, professent les principes de chirurgie. Charles Vacher (de la Feutrie) (1730-1798), chirurgien de l’hôpital militaire, est investi du cours d’anatomie. Le corps professoral reste sensiblement le même durant les vingt années de fonctionnement de l’école. Avant la Révolution française, on recense une vingtaine de maîtres chirurgiens à Besançon.
L’université et la faculté de médecine se rapprochent ainsi de l’enseignement de la chirurgie. Les décrets révolutionnaires qui mettent fin aux sociétés, collèges, académies ou universités cassent cette nouvelle collaboration, qui ne reprend progressivement qu’au début du siècle suivant.
