Après 1691, l’université comprend onze chaires de professeurs : deux en théologie, six en droit et trois en médecine. En 1723, la création de la faculté de droit à Dijon, avec cinq chaires, entraîne provisoirement la suppression d’une chaire de droit à Besançon, mais finalement, avec l’introduction de l’enseignement du droit public et du droit français, le nombre de chaires de droit varie entre cinq et sept.
Les règles de recrutement restent les mêmes qu’à l’université de Dole : les trois distributeurs et deux docteurs ou professeurs constituent le jury des concours, le premier président du parlement préside en principe mais, en général, le premier distributeur le supplée. Après le décès ou la démission d’un professeur, l’avis de recrutement est affiché dans les villes de la province et les universités voisines. Les candidats s’inscrivent chez le premier distributeur et doivent être docteurs, âgés de 25 ans au moins, de bonnes vies et mœurs. La plupart sont natifs de la province et plus particulièrement de Besançon, issus du milieu parlementaire ou des offices et de la bourgeoisie.
L’ordre de passage est tiré au sort. Le concours comprend une harangue latine sur un sujet choisi par chaque candidat et une leçon, également en latin, sur une question imposée. Les candidats concurrents peuvent intervenir dans les débats. À leur issue, le jury dresse la liste des trois candidats les plus brillants par ordre de mérite, le roi nommant en principe le premier nommé. Les concours sont très disputés et les choix des juges semblent impartiaux : les contestations sont rares, excepté en 1770 où la nomination comme professeur de théologie de Grégoire Bullet, neveu du réputé théologien Jean-Baptiste Bullet, provoque une vive polémique, le neveu n’ayant pas les qualités de son oncle… L’accès aux chaires de professeurs devient un enjeu social. À l’occasion de ce concours, l’abbé Bergier (qui a été curé de Flangebouche, puis principal de collège à Besançon, avant d’effectuer une brillante carrière de théologien à Paris) écrit avec amertume : « Bientôt, pour être professeur, il faudra être fils de conseiller au Parlement… Les places de l’Université étaient les seules dévolues aux talents, c’est un opprobre qu’il est temps d’effacer ».
Avant 1790, une seule nomination échappe au concours. Il s’agit de celle du professeur de médecine Claude Guillot, en 1713, après le décès du professeur Jacques Monnot. Guillot aurait été nommé par le roi sur recommandation du secrétaire d’État à la Guerre, François Voysin, chargé de la Franche-Comté. Fait étonnant, un autre ministre, le chancelier Pontchartrain, s’indigne et déplore ce procédé dans une lettre aux professeurs de l’université. Guillot semble d’ailleurs n’avoir pas exercé : il est remplacé dès 1715 par René Charles.
Le concours, s’étalant sur plusieurs jours, semaines ou mois, est une épreuve épuisante et de longue haleine, pour les candidats et parfois même pour les recruteurs. Ainsi, en 1747, pour une chaire de droit, le concours s’étend du 14 août 1747 au 29 mars 1748 : plus de sept mois pour départager dix candidats ! Un arrêt du conseil du roi modifie ensuite les règles. Les trois distributeurs siègent désormais avec six docteurs ou professeurs de la discipline concernée et les séances durent sept heures. Quinze candidats se présentent pour succéder au professeur de médecine Charles, décédé en novembre 1751. Le concours commence le 17 février 1752 et s’achève le 6 mars. Le sieur Gabriel Lange est choisi, puis nommé ; il enseigne jusqu’à sa mort en 1788.
Le corps enseignant de l’université bisontine au xviiie siècle est d’une qualité reconnue unanimement par les contemporains. Certains professeurs se distinguent particulièrement, comme les médecins Rougnon, qui parle « avec facilité le latin, l’espagnol, l’italien, l’allemand, l’anglais et surtout le grec », Tourtelle, ou Atthalin. Le théologien Jean-Baptiste Bullet, les juristes Courvoisier et Dunod de Charnage ne leur cèdent en rien.
