Dès l’ouverture, en 1845, de la faculté des sciences à Besançon, les sciences naturelles sont scindées en deux chaires : l’une de zoologie et botanique, l’autre de géologie et minéralogie. Les titulaires successifs de la première chaire doivent ainsi assurer une certaine polyvalence, même si chaque professeur montre généralement une valence plus marquée, tels Charles Grenier (1808-1875), pour la botanique, et Gaston Moquin-Tandon (1845-1929), pour la zoologie. Souvent, le professeur assume aussi la charge d’enseignement de la chaire d’histoire naturelle à l’école secondaire de médecine, à laquelle, de ce fait, le jardin botanique semble plutôt rattaché. Le professeur de zoologie et botanique a également la charge de la collection de zoologie et botanique du musée d’histoire naturelle.
Carte postale, “Direction de l’Institut et du Jardin botanique de l’Université de Besançon”, écrite par Charles Magnin, le 13 janvier 1906, verso. Bibliothèque municipale de Besançon, CP-B-P41-0132.
À partir de 1884, succédant à G. Moquin-Tandon et comme lui, spécialisé en zoologie, Louis Charbonnel-Salle est le nouveau titulaire de la chaire de zoologie et botanique. Un chargé de cours, maître de conférences en botanique, lui est alors adjoint, en la personne d’Antoine Magnin (1848-1926), venu de Lyon. Ce dernier devient, à son tour, chargé de cours d’histoire naturelle en 1885, puis professeur titulaire en 1889 à l’école de médecine. En prévision du déplacement annoncé de l’école de médecine et pharmacie sur le site de Chamars, de manière concomitante, le jardin botanique s’établit à Chamars, mais côté Canot, sur des zones nouvellement acquises grâce au comblement du canal du Doubs.
Exemple de planches pédagogiques présentées pendant les cours de botanique en amphithéâtre (entre 1950 et 1970). université de Franche-Comté, Jardin botanique et UFR sciences et techniques. Gérard Dhenin.
En parallèle, le ministre de l’Instruction publique Henri Poincaré refonde l’accès aux études médicales en 1893. Il met en place un certificat d’études physiques, chimiques et naturelles (PCN) afin d’assurer une culture scientifique solide aux futurs médecins et pharmaciens. Cette préparation incombe aux professeurs de la faculté des sciences pour le compte de l’école de médecine. Cette nouvelle certification engendre un important surcroît d’activité pour le titulaire de la chaire de zoologie et botanique et les chargés de cours. Une seconde chaire étant alors amplement justifiée, il est alors choisi de scinder la chaire existante en deux spécialités : une chaire de zoologie, conservée par Charbonnel-Salle, et une de botanique, attribuée à Magnin. De plus, cela correspond à une régularisation au regard de la spécialisation grandissante des disciplines de recherche.
La mise en place de cette chaire de botanique à Besançon et l’activité zélée d’A. Magnin favorisent rapidement la création d’un institut de botanique en 1896. Cela permet d’y organiser des formations, un laboratoire de recherche, la gestion et l’enrichissement des collections pédagogiques et scientifiques végétales, ainsi que des collections vivantes du jardin botanique. En 1898, un enseignement universitaire agricole y est dispensé, qui donne lieu à la création en 1902 d’une chaire spécifique de botanique agricole. La chaire de botanique prend alors l’intitulé de chaire de botanique générale.
