Depuis 1956, le jardin botanique était implanté sur le site de la place Leclerc à Besançon. Le bâtiment, conçu et réalisé par l’architecte René Tournier[1], permettait l’installation des laboratoires de botanique, de zoologie et de géologie, ainsi que du musée d’histoire naturelle de l’université, différent du muséum de Besançon dépendant de la ville. Tout autour du bâtiment, le site de 1,2 hectare est dévolu aux collections de plantes vivantes.


Après soixante années de fonctionnement, le site universitaire de la place du général Leclerc ne répondait plus aux besoins d’enseignement, de recherche et de médiation scientifique d’une université du XXIe siècle. Le bâtiment, énergivore et en mauvais état, est isolé de l’UFR sciences et techniques (ST) à laquelle il est rattaché et où les sciences de l’environnement ont déjà déménagé.
Sous l’impulsion des responsables successifs du jardin botanique, le président Jacques Bahi avec son équipe et un fort soutien municipal, départemental et régional, lance le projet de relocalisation du nouveau jardin au campus de la Bouloie en 2016. Lorsque le site universitaire de la place Leclerc est définitivement abandonné à l’automne 2018, une majeure partie des plantes est transférée, en attente, sur la zone technique de l’orangerie municipale dans le quartier Saint-Ferjeux, non loin de la Bouloie.
Grâce à des financements importants de la région Bourgogne Franche-Comté, du département du Doubs, de la ville de Besançon, de Grand Besançon métropole, à la participation du fonds FEDER et à la contribution de l’université sur ses fonds propres pour un montant de 2,30 M€, un double programme d’aménagement se dessine. Le projet de serres botaniques et locaux techniques et administratifs est confié au cabinet mandataire Philippe Rizzotti Architectes et à ses divers partenaires, les espaces extérieurs du jardin sont réalisés selon le tracé et les principes du cabinet d’architectes du paysage Altitude 35, lauréat du concours EUROPAN Bouloie-Temis en 2017.
En cours de finalisation, ce nouveau jardin botanique comporte un grand volume de serres sur deux niveaux (2a), et plus de 1 620 m² au sol et s’organise en divers espaces de culture végétale et de médiation au public, dont une grande serre tropicale humide avec diverses thématiques, une serre tempérée à plantes succulentes et à plantes carnivores, et un espace polyvalent de vie, de médiation et d’exposition, ainsi qu’un lieu technique de multiplication et de conservation botanique (2b).


L’ensemble est conçu avec une importante technicité thermique et culturale, incluant une collecte des eaux de pluie, afin de répondre aux impératifs de sobriété de consommation énergétique et en eau dans le contexte actuel de changements climatiques. Le pôle technique comporte une graineterie moderne et un espace de préservation des collections pédagogiques et scientifiques historiques de graines et productions végétales. Les extérieurs du jardin s’organisent sur près de 3 ha d’espaces semi-naturels de prairies et boisements, et d’espaces botaniques plantés, dans lesquels on trouve notamment un grand parterre sur les usages humains des plantes, une rocaille calcaire, une rocaille siliceuse, une tourbière et un arboretum. Plusieurs milliers d’espèces végétales du monde entier, rares ou plus communes, sont présentées dans ce nouveau Jardin, et le fonctionnement partenarial entre l’université et la ville de Besançon perdure dans ce nouvel équipement. L’ensemble s’insère pleinement dans le « campus parc » de la Bouloie, à proximité immédiate de la faculté des sciences et du laboratoire Chrono-environnement. Il renforcera l’activité d’accueil du public déjà efficiente à la Fabrikà et à l’Observatoire, l’ensemble prenant la forme d’un Jardin des sciences. Les espaces végétalisés devant constituer un arboretum diffus réparti sur l’ensemble du campus, le Jardin des sciences doit contribuer à réhabiliter et à animer ce secteur et à l’ouvrir sur son environnement.
Les collections botaniques et espaces de culture paysagère servent diverses missions : l’enseignement aux étudiants, notamment des formations de biologie-écologie et de santé-pharmacie, la médiation scientifique et le partage de la recherche scientifique avec les scolaires et avec le grand public, la contribution à la conservation du patrimoine végétal mondial et le soutien aux chercheurs par la culture de végétaux pour les expérimentations de laboratoire.

L’ensemble des activités de ce jardin vers le monde socio-économique, l’enseignement supérieur et la recherche et vers les citoyens contribue aussi, comme lieu de vie et de médiation scientifique, à l’attractivité nationale et internationale de l’université et de la ville.
Les directeurs du jardin botanique place Leclerc
Antonin Tronchet (1949-1975) ; Michel Bidault (1975-1997) ; Bernard Millet (1997-2003) ; Éric Lucot (2003-2005) ; Anne Vignot (2006-2014) ; Arnaud Mouly (depuis 2014).
Les conservateurs
Jean (dit Albert) Taboureau (1959-1971) ; Pierre Millet (1971-1997) ; Isabelle Diana (depuis 1997).