Le 8 octobre 1878, Eugène Nageotte intègre la faculté des lettres de Besançon, en tant que suppléant de Henry Eugène Lantoine, docteur en lettres et professeur de littérature ancienne de 1876 à 1878. Le doyen Henri Antoine Tivier salue l’arrivée de Nageotte à la faculté des lettres avec de nombreux éloges : « Sa thèse latine était d’un homme de goût et d’un latiniste, sa thèse française d’un érudit et d’un écrivain ». Trois ans plus tard, en 1881, après le départ de M. Lantoine pour Paris, Nageotte devient chargé de cours de littérature ancienne. Il succède à un autre helléniste, Joseph-Antoine-Aloys Hild, resté pour un an seulement.
Dans ses cours, Nageotte traite de deux thèmes qui l’ont accompagné toute sa vie, à savoir : la poésie lyrique et l’art grec. Effectivement, bien qu’ayant étudié un temps l’art romain, c’est l’art de la Grèce antique qui l’intéresse réellement. Ses cours attirent en moyenne une vingtaine d’étudiants et auditeurs chaque année. Nommé à deux reprises (de 1888 à 1889 puis de 1892 à 1898), assesseur du doyen Edmond Colsenet1, Nageotte contribue énormément, au fil des années, à la renommée de la faculté. À partir de 1887, il prend part à l’enrichissement des collections pédagogiques de l’université et fait notamment acquérir, à compter de 1889, une collection de moulages antiques pour rendre l’enseignement plus pédagogique2.
