L’histoire de l’université de Dole est grandement facilitée, pour la fin du XV^e et pour le XVI^e siècle, par les précieux registres matricules produits alors par l’université (1498-1601). Conservés depuis 1498, ces registres, établis chaque année par les recteurs de l’université, constituent des Annales. Les écritures de ces manuscrits, rédigés en latin, présentent des caractéristiques variées, allant des formes gothiques du XV^e siècle aux écritures humanistiques les plus régulières. Établis sur papier, quelques filigranes y sont décelables.

Certains présentent de belles illustrations réalisées à l’encre ou intègrent parfois quelques aplats de couleur. Ils sont initialement conservés dans le « trésor » de l’université de Dole. À l’issue du transfert de cette dernière à Besançon en 1691, ils y sont transportés et rejoignent les fonds de la Bibliothèque municipale après 1793. Ces registres, déjà bien étudiés¹, constituent un outil irremplaçable pour la connaissance de l’université jusqu’au début du XVII^e siècle.