Avec l’installation des laboratoires de l’école préparatoire de médecine et de pharmacie, entre 1888 et 1890, la parcelle affectée au Jardin botanique se met en place à Chamars, légèrement en retrait de la rue des Bains du Pontot, et le long de l’avenue du Pont de Canot. Elle borde l’ancien Jardin botanique du clos de l’Hôpital Saint-Jacques. L’ensemble comporte trois entrées et des cheminements qui s’inscrivent entre les massifs de formes courbes. L’accès à l’ancien jardin botanique dont les parterres rectilignes et linéaires offrent une collection de plantes médicinales, est préservé sur l’arrière.
École de médecine et de pharmacie, Laboratoire et jardin botanique de Chamars : plan d’ensemble entre la rue Girod de Chantrans et l’avenue Canot (fin XIXe siècle). Archives municipales de Besançon, 20Fi39.
En 1890, le professeur Antoine Magnin (1848-1926) décide de donner au jardin botanique une physionomie plus adaptée à son temps au Jardin botanique. Il demande à l’architecte paysagiste Henri Michel (1854-1930), président de la Société d’Histoire naturelle du Doubs, d’établir de nouveaux plans. Les deux-tiers de ce nouveau jardin sont occupés par l’école de botanique. Les parterres à la française se présentent en bandes linéaires, minces et bordées de buis. L’ensemble dessine une forme sinueuse et courbe, plutôt atypique, contrairement aux modèles classiques de jardins en demi-cercle ou en rectangle. Ce caractère innovant montre une évolution non pas linéaire mais plutôt buissonnante, proche des enseignements actuels.
L’Institut botanique et le jardin au début du XXe siècle. Archives départementales du Doubs, 68J1. L. Besançon.
En même temps que se construit sur le site, de 1896 à 1898, l’institut botanique selon les plans d’Édouard Gribling, s’ajoutent rapidement une serre de multiplication (1897) et un bassin d’eau douce (1898). Les bordures périphériques et certains massifs centraux accueillent des collections thématiques diverses : plantes alimentaires, industrielles ou ornementales. Antoine Magnin est nommé officiellement directeur du Jardin botanique en 1899, alors qu’il en assurait la gestion depuis 14 ans déjà. À partir de cette date, le Jardin est administré et géré par le professeur, directeur de l’Institut botanique sous l’égide de la faculté des Sciences de l’université. Il reste toutefois propriété de la Ville, qui en finance tout le fonctionnement, les personnels techniques de gestion des collections, de jardinage et de culture, avec une clause d’ouverture hebdomadaire aux Bisontins et l’organisation d’animations et de démonstrations.
Carte postale représentant l’Institut botanique et le jardin au début du XXe siècle. Bibliothèque municipale de Besançon, CP-B-P41-0129.
Ce jardin continue à évoluer, par ajouts de structures complémentaires, tandis que l’ancien jardin botanique est détruit. Après 1921, sous la direction du professeur Parmentier, le jardin se dote d’une serre botanique, dite « Grande serre », d’une rocaille de conservation et d’une roseraie. Un ample arboretum s’ajoute à l’espace gagné côté Doubs, à la suite de la rectification de la rue Girod-de-Chantrans. Sous l’impulsion du professeur Eberhardt, directeur de 1930 à 1939, les murs d’enceinte côté Chamars sont embellis d’une bordure de plantes médicinales et un système de chauffage est installé dans la serre, permettant la culture de plantes exotiques : caféier, théier, vanillier, poivrier, câprier, hévéa, coco, quinquina. Le jardin botanique reste en place jusqu’en 1957, date de son transfert place du général Leclerc, au nouvel institut des sciences naturelles.
École de médecine et de pharmacie, Laboratoire et jardin botanique de Chamars : plan des bâtiments. Archives municipales de Besançon, 2Fi497_1.