Alors qu’il débute dans ses nouvelles responsabilités, il est reçu au baccalauréat en droit canon, puis rapidement admis à la licence dans les deux droits et reçu docteur en droit le 24 janvier 1525. Ces acquisitions rapides de grades, contraires aux statuts, sont sans doute le fruit de l’appui du prélat et des autorités. En effet, Hugues Marmier (1475-1553 ou 1554), président du parlement assiste à ce dernier examen et participe au repas qui suivit. Comme l’atteste ce titre qu’il porte le 16 mai 1541, Pierre devient régent quelques années plus tard.
Comparé au précédent mandat du recteur Perret, le rectorat de P. Phoenix, en 1524, marque une année assez paisible, qui, de plus, est l’une des mieux pourvues en effectifs pour la période 1498-1526.
En plus de lui-même, elle est marquée par la réception de onze gradués et par l’inscription de quatre-vingt-dix étudiants. Avec l’ensemble des membres, tous gradués, du collège, l’université compte ainsi cent-deux individus recensés. Soixante-et-onze viennent du diocèse de Besançon, cinquante-neuf sont issus de trente-huit localités comtoises, de nombreux autres sont de provenance rurale. Parmi ces étudiants, Guillaume Ramesel, originaire du diocèse de Sées en Normandie, amorce ses études à Montpellier puis obtient son doctorat en médecine à Dole. Un autre, Dominique de Portunaire, issu d’une grande famille de libraires lyonnais, est reçu comme officier et libraire de l’université.
Si les qualités intellectuelles du personnage ne peuvent se traduire par le contenu de sa bibliothèque, une bible sur vélin du XIIIe siècle lui appartenant est toujours conservée3. D’écriture gothique, ornée d’un bestiaire fantastique, la page de titre porte sa marque de possession « Pierre le fénix » en caractères grecs. Il subsiste également un « Nouveau testament », grec et latin, établi par Érasme en 1516 et édité par Froben. Ce livre comporte en frontispice un bois gravé en pleine page, représentant Érasme. Dans ses ouvrages, Pierre inscrit toujours de nombreuses marques d’appartenance, et toujours en grec, indiquant son ouverture à l’humanisme.
Installé et possessionné à Dole, il a épousé Juliane, fille du professeur en médecine Jean Heberling, originaire d’Allemagne et installé à Dole dès 1492, ce qui montre les liens étroits tissés dans le monde universitaire. De plus, il est un proche d’Odo de La Tour (†1540) et du docteur et maître Quentin le Veaul4. À la fin de sa vie, le 28 juillet 1548, il fonde une grande messe en l’honneur des Onze Mille Vierges, célébrée par son fils Héribald dans la chapelle érigée en Notre-Dame de Dole, près de celles d’Odo de La Tour et de Jean Ier Carondelet au chœur de la nouvelle collégiale encore inachevée. Pierre Phoenix apparaît bien comme un personnage illustre de l’université.
