En janvier 1477, à l’issue des guerres opposant Charles le Téméraire et les Suisses, la mort du duc Charles devant Nancy relance la lutte franco-bourguignonne. Louis XI souhaite en effet élargir le « pré-carré » français : il annexe d’abord le duché puis, au mépris du droit, tente de prendre le comté de Bourgogne qui revient à l’unique héritière du duc Charles, Marie de Bourgogne.
Lettres Patentes du roi de France Charles VIII rétablissant l’université à Dole en mars 1484. L’objet des lettres patentes du roi est notamment de régler la questions des arriérés des sommes dues pour le fonctionnement de l’université entre 1476 et 1479 et non versées, en raison des troubles de la fin du règne de Charles le Téméraire et du début de l’occupation française. Archives départementales du Doubs, 1B246. L. Besançon.
En février 1477, Dole est occupée, mais son siège, de juillet à octobre, échoue en raison de la résistance comtoise. Un second siège, en mai 1479, aboutit à la prise de Dole, au pillage et au saccage total ou partiel de nombreuses constructions telles que le Parlement, les halles, la tour de ville, l’hôpital Notre-Dame (qui porte à l’étage, l’auditoire des lois de l’université, pourvu de grandes verrières déposées en 1483), des maisons… S’y ajoutent l’exécution d’une partie des habitants ou à la mise à rançon d’autres comme l’attestent de rares documents. Certains s’enfuient dans les bois de la forêt de Chaux d’autres ailleurs. Une très grande part des archives de l’université et des délibérations municipales est détruite. Louis XI fait occuper la principauté et la ville jusqu’au traité de Senlis établi en 1493.
Louis XI entend réduire à néant l’ancienne capitale, en transférant le Parlement à Salins et l’Université à Besançon en 1482, puis surtout à Poligny en juillet 1483. Il justifie ce déplacement par l’impossibilité de la ville d’accueillir de nouveau régents et étudiants, tout en reconnaissant le travail accompli antérieurement par l’université, ainsi qu’en atteste un mémorandum du roi. Son décès interrompt ce processus d’installation et d’exercice de l’université en un autre lieu. L’accession au trône de Charles VIII en tutelle des Beaujeu, de Guillaume de Rochefort, son chancelier – ancien étudiant de Dole et serviteur des ducs passé à la France –, fort sollicité par le corps municipal de Dole dès 1481, aboutissent en mars 1484, à l’issue des États de Tours, au rétablissement de l’université à Dole par une patente royale.
Le roi indique dans ses lettres patentes de mars 1484 que les arriérés des rentes dues (salaires des maîtres, charges diverses de fonctionnement, entretien des bâtiments), non perçues sur trois longues années entre 1476 et 1479, seront versés. Des représentants du corps de ville sont rapidement dépêchés à Salins pour les percevoir. Aussitôt, les édiles entendent annoncer la « bonne nouvelle ». Ils envoient des émissaires dans les pays où l’université recrutait autrefois, les contrées françaises dont la Bourgogne proche, le pays de Vaud outre Jura, les Flandres. Ils veillent aussi à trouver des logis pour les futurs maîtres et étudiants. Le corps professoral antérieur est très vite de retour, Anselme de Marenches, Antoine de Roche, Etienne de Lavangeot et d’autres reprennent du service. Quant aux étudiants, les actes de la pratique du fonds de la collégiale Notre-Dame en mentionnent quelques dizaines entre 1484 et 14971.
