Les collections botaniques de l’institut et jardin botaniques de l’université s’établissent, en 1957, place du général Leclerc, sur le campus flambant neuf consacré aux enseignements et aux recherches en histoire naturelle, notamment franc-comtoise. Toutefois, en raison de l’augmentation du nombre d’étudiants, de la diversification des filières, un pan de la biologie végétale et de l’écologie s’installe vers la fin des années 1960 sur le campus de la Bouloie en pleine expansion.
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Le professeur Michel Bidault dans le jardin expérimental du laboratoire de taxonomie, en mai 1970. Bibliothèque municipale de Besançon, Ph40730. Bernard Faille.
Alors que le laboratoire de taxonomie expérimentale et de phytosociologie de l’université est abrité dans les murs du bâtiment de propédeutique à la Bouloie, les besoins de recherche et d’enseignement nécessitent une production végétale, qu’il s’avère complexe de mutualiser avec la place Leclerc. En raison des déplacements occasionnés qui rendent difficile le suivi quotidien, les enseignants-chercheurs et préparateurs locaux installent un jardin de culture pour la recherche et la formation à la Bouloie, à proximité du laboratoire. Ce jardin s’établit sur la parcelle est, actuellement occupée par le laboratoire de chimie des eaux et par la chaufferie bois du campus. Selon les besoins, il couvre entre 3 000 et 4 000 m² et s’organise en platebandes de tests de culture de divers types, avec herbacées et ligneux, diverses couches de culture de plantes en pots et il s’agrémente également d’une serre.
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Expériences de recherche scientifique au laboratoire de taxonomie, en mai 1970. Bibliothèque municipale de Besançon, Ph40720. Bernard Faille.
Grâce à des clichés de Bernard Faille, publiés en mai 1970 par l’Est Républicain, on peut voir une perspective des parterres de culture montrant Michel Bidault, (alors maître de conférences et qui deviendra, quatre ans plus tard, professeur de biologie-écologie et directeur du jardin botanique de la place Leclerc) et son assistant, ainsi que l’usage fait en laboratoire des plantes qui y sont cultivées. La perspective montre des fétuques, objet d’étude botanique de prédilection du chercheur et des tests de laboratoire sur une gentiane bleue. La durée de vie relativement importante de ce jardin, de 1970 à 1996 environ, correspond au temps d’exercice du professeur Bidault à l’université.
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Expériences de recherche scientifique au laboratoire de taxonomie, en mai 1970. Bibliothèque municipale de Besançon, Ph40709. Bernard Faille.
Avant même ce jardin expérimental, émerge rapidement l’intérêt d’installer des infrastructures efficientes et appropriées pour la recherche et un projet de serres de cultures se fait jour. En raison de son expertise acquise par l’installation du jardin botanique place Leclerc, le professeur Antonin Tronchet supervise l’élaboration des plans, entre 1965 et 1966, avec l’architecte en chef des monuments historiques Georges Jouven, concepteur du schéma directeur du campus. L’implantation est prévue sur les terrains entre le bâtiment de propédeutique et le jardin expérimental. Le projet comprend une tranche fixe qui porte sur une chapelle de serres d’environ 28 m de longueur par 6 m de largeur et 3,5 m de hauteur (soit 170 m²), divisée en trois sous-espaces de culture sur couche et tablettes. Il comporte également une phase d’extension pour deux autres chapelles parallèles et identiques à la première et un ensemble perpendiculaire qui vient s’accoler à elles, formant un ensemble complet d’environ 650 m², soit plus que l’installation identique de la place Leclerc. Cette perspective semble ensuite se confronter au coût important d’installation et de fonctionnement, à la redondance des deux sites et potentiellement, avec la mise en retraite du professeur Tronchet. Il ne verra donc jamais le jour en l’état.
À défaut, c’est donc une petite serre tunnel qui sera installée. Pourtant, rapidement, le coût de fonctionnement du jardin botanique de la place Leclerc et l’isolement par rapport à l’essentiel de la faculté des sciences et techniques qui s’est finalement largement développée sur le campus de la Bouloie, font émerger l’idée de l’opportunité de la transplantation des collections botaniques en ce lieu, comme en témoigne notamment une publication du conseil municipal de 1996, lorsqu’un nouveau souffle est recherché pour le jardin botanique, par la conservation du patrimoine végétal de Franche-Comté. Il faudra tout de même attendre 2022-2023 pour aménager finalement le jardin botanique à la Bouloie. Fort heureusement, la mission de conservation de la diversité végétale n’a pas subi autant de retards, avec l’installation d’un conservatoire botanique national en Franche-Comté, collaborant activement avec l’université et son jardin botanique.