La loi Edgar Faure de 1968 se concrétise à l’université de Franche-Comté, en 1971, par l’élection du premier président, Jean Thiébaut. Pour le seconder, ce dernier s’entoure d’un secrétaire général, Georges Lambert (1924-2017), avec qui il crée l’embryon des premiers services centraux. Alors que toutes les unités d’enseignement et de recherche (UER) possèdent leurs propres locaux, certes insuffisants, les services centraux de l’université n’ont d’autre solution que d’être hébergés provisoirement dans les étages de l’IUT Besançon-Vesoul à la Bouloie. En 1977, le président Pierre Lévêque a l’espoir de voir l’université dotée de locaux en ville, pour le secrétariat général. Malgré les efforts qu’il déploie, une lettre du recteur Henri Legohérel, du 11 avril 1980, lui annonce que l’installation, prévue dans les locaux attendus de la rue Sarrail, est annulée[1]. Les présidents successifs reprennent, tout à tour, cette quête difficile et plus que nécessaire. En effet, les différents services, sous l’autorité du secrétaire général, s’étoffent : scolarité, relations internationales, information et orientation, finances, ressources humaines, patrimoine. Une organisation spécifique doit être mise en place afin que les personnels puissent travailler dans des conditions correctes pour répondre aux questions d’étudiants en nombre croissant et aux multiples enquêtes et demandes des ministères et des collectivités.
Le sujet fait l’objet du conseil d’administration du 27 septembre 1989[2]. Le président Jean-François Robert aborde la question d’un futur bâtiment consacré à la présidence de l’université. En réponse à son souhait, les membres du conseil d’administration valident le principe d’une nouvelle installation de la présidence de l’université, ainsi qu’un engagement financier à hauteur de 4,5 millions de francs sur les réserves du secrétariat général. La différence doit être recherchée auprès des collectivités territoriales et de partenaires financiers. Deux hypothèses sont envisagées : la construction d’un bâtiment neuf, à chiffrer, sur le campus de la Bouloie, à proximité du site classé et historique de l’Observatoire ; ou la remise en état de l’hôtel Goudimel, estimée à 8 millions de francs, soit un montant de 4 000 francs le m2. Jean-Pierre Chevènement, ministre de l’Éducation nationale de François Mitterrand de 1984 à 1986, approuve le choix du centre-ville, car il pense que le siège d’une université doit être établi en dehors de tout campus. L’idée de l’installer à la place de la chambre de commerce qui a libéré ses locaux rue Charles Nodier est aussi évoquée.
Lors du conseil d’administration du 16 janvier 1990[3], les projets d’implantation sur deux sites sont présentés avec plus de détails. J.-Fr. Robert présente les intérêts respectifs des deux projets. Le site de la Bouloie a l’avantage d’être plus proche du futur parc technologique et scientifique et une construction neuve sera plus facilement modulable et adaptable aux besoins des services administratifs. D’un autre côté, l’emplacement de Goudimel représente un point central dans un endroit prestigieux, formant pour l’université une « belle vitrine ». De plus, il est proche des sites des décideurs régionaux que sont l’hôtel de région, la préfecture, le rectorat, la mairie ou la chambre de commerce et d’industrie, qui constituent les principaux interlocuteurs de la présidence. Une première étude du rectorat chiffre le projet de Goudimel à 11,6 millions de francs et celui de la Bouloie à 15,3 millions de francs. Différents membres du conseil d’administration s’expriment sur le choix de cette localisation géographique, devenant très vite une question géopolitique. Michel Woronoff soutient le projet d’une présidence digne de ce nom, donnant aux personnels administratifs de bonnes conditions de travail, permettant d’identifier clairement l’université de Franche-Comté. Selon lui, le site de Goudimel offre une valeur plus symbolique dans l’espace, que ne remplit pas celui de la Bouloie. Les autres membres qui prennent la parole se montrent, eux, favorables au site de la Bouloie, soulignant les problèmes de stationnement au centre-ville, en particulier M. Philippe, pour les personnels ATOS (administratifs, ouvriers et de service) représentés par les syndicats SGEN CFDT et par la FEN, dont l’avis est très suivi. Sur les 47 votants, 36 sont en faveur du site de la Bouloie[4], 6 pour Goudimel et 5 s’abstiennent.
L’idée de l’implantation à Goudimel n’est donc pas nouvelle, et c’est Michel Woronoff, président, qui l’obtient enfin. Avec les partenaires du schéma Université 2000, le président de la région Franche-Comté, Pierre Chantelat, convient de la nécessité de disposer d’un immeuble administratif spécifique pour une université de cette taille (21 000 étudiants,1 000 enseignants-chercheurs, 600 personnels administratifs et techniques). « Voici 20 ans que vous vivez dans des conditions difficiles, dans des locaux exigus et mal distribués »[5] concède-t-il au président Woronoff. Ce bâtiment doit rayonner sur l’ensemble des campus, qui sont “supposés” accueillir 35 000 étudiants à l’horizon 2005. L’appellation de présidence s’est substituée à celle de bâtiment des services centraux, soulignant l’affirmation politique des activités qui y sont menées. C’est ainsi que le 5 juillet 1991 le conseil régional, principal bailleur de fonds, acte le choix de fixer la présidence au cœur de la capitale régionale et de sauvegarder du même coup l’ancien hôpital de l’ordre du Saint-Esprit, investi par les étudiants en novembre 1990, sans autorisation. Selon lui, le coût d’un bâtiment neuf et celui de la restauration de l’hôtel Goudimel est similaire. La réhabilitation de l’ancien hôtel de police de Goudimel coûte 15,7 millions de francs, dont 10 millions de francs payés sur le budget régional et 5 millions de francs sur celui de l’État. Il faut ajouter 4,5 millions pour l’équipement, financés sur le budget de l’université. Le cabinet d’architecture Lefranc-Corbet est retenu après appel d’offres.

Ce chantier exceptionnel, dans le contexte universitaire de l’époque, n’est pas de tout repos. Le président doit faire face à de nombreuses controverses[6]. Tout d’abord parce que les nouveaux travaux engagés annulent de facto les deux millions d’investissements précédemment réglés lors de la réhabilitation rapide menée pour l’accueil des étudiants[7]. Initialement prise en charge par la ville, cette somme l’a été, pour finir, sur le budget de l’université[8]. Ce revirement a lieu à la suite du « coup de théâtre », comme il est appelé, de la session du conseil régional du 5 juillet 1991. L’État annonce qu’il est revenu sur sa décision de vendre l’hôtel Goudimel à la ville de Besançon, qui comptait y installer des services, sans doute les affaires culturelles. Il est alors trop tard pour revenir sur la promesse faite aux étudiants de les loger, jusqu’en juin 1992, dans l’attente de la construction des amphithéâtres attendus du Parisiana. L’université, mise devant le fait accompli, doit donc assumer désormais les sommes afférentes à la remise en état des réseaux (chauffage, eau, électricité), à l’aménagement des volumes (décloisonnement et peinture) et à l’organisation des circulations horizontales et verticales propres à accueillir les étudiants. Mais la nouvelle destination architecturale concerne à présent l’ensemble du corps des bâtiments et l’affectation des lieux est dès lors différente : les salles des cours deviennent des bureaux, des salles de réunions ou des espaces consacrés à l’accueil des étudiants. Cela suppose un nouvel aménagement des espaces : ainsi, celui concernant les entretiens individuels des étudiants avec les conseillères d’orientation est scindé en box confidentiels. L’imposante cheminée en pierre du bâtiment se retrouvant de fait dans un couloir gêne la circulation : M. Woronoff a l’idée, qui lui sera reprochée, de la déplacer au deuxième étage dans son futur bureau, où elle serait mise en valeur.

À la polémique qui l’accuse d’avoir parfois engagé des dépenses qualifiées de « somptuaires »[9], le président répond en défendant la qualité de travail des personnels et de l’accueil des étudiants, ajoutant « qu’il souhaite que l’on comprenne que le confort n’est pas un luxe »[10]. L’effort conjoint du conseil régional et de l’État permet d’y accueillir les 90 fonctionnaires des services centraux, jusqu’alors hébergés depuis 1971 à l’IUT de Besançon-Vesoul. Le président de l’université s’en réjouit en soulignant combien « le personnel travaillait depuis 21 ans dans des conditions absolument lamentables ». Avec honnêteté, les personnels administratifs reconnaissent la qualité de leurs nouveaux locaux, mais réclament un stationnement[11] analogue à celui dont ils disposaient précédemment à la Bouloie, ce qui se règle par un accord avec le parc de stationnement Marché-Beaux-Arts voisin.
Concernant l’obligation du 1 % que la loi Malraux impose de consacrer, pour toute construction ou restauration d’un immeuble administratif, à la commande d’une œuvre d’art, M. Woronoff fait le choix de confier à un artisan franc-comtois, domicilié à Morre, André Mouget (Atelier d’antan), la fabrication d’un luminaire, nécessaire pour éclairer le grand escalier d’honneur sur trois niveaux.

Le président en dessine les grandes lignes avec un croquis, l’architecte d’intérieur Marie-Corinne Corbet (Cabinet Lefranc-Corbet) en affine la maquette : il représente une longue tige autour de laquelle s’enroulent une succession de feuilles. Composé de laiton recouvert de peinture vert foncé, il mesure près de dix mètres de hauteur et pèse 800 kilos. Le lustre est financé sur les fonds propres de l’université. L’architecte Michel Lefranc rend hommage aux artisans horlogers de la capitale comtoise en réalisant un cadran solaire pour lequel il sollicite François Puel, chercheur en mécanique céleste à l’Observatoire de Besançon. Il est installé sur la façade du bâtiment neuf qui remplace la petite cour à gauche du commissariat. La façade de la nouvelle entrée est composée de verre et de pierre de Besançon, caractérisée par sa bichromie gris-bleu et beige-ocre.

Le 20 novembre 1992, « dans la boue et au milieu des gravats », comme l’indique un article de L’Est Républicain[12], P. Chantelat, remet la plaque « Présidence de l’université de Franche-Comté » à M. Woronoff. Elle est aujourd’hui scellée à l’entrée du bâtiment. En septembre 1993, le déménagement des 90 fonctionnaires[13] s’effectue en trois étapes. Le 9 septembre, les premiers arrivés sont notamment les services affectés aux étudiants (documentation, orientation, insertion professionnelle et relations internationales), mais aussi administratifs : gestion des personnels et des concours, emploi et formation, scolarité centrale et presse (les journaux tout l’u et en direct). Le président et son secrétariat font partie également de ce premier déménagement. La deuxième tranche des travaux est réceptionnée au printemps 1994, les bureaux prévus sous la verrière remplaçant les garages des « paniers à salade » du temps du commissariat. La nouvelle présidence est inaugurée le 18 janvier 1995. Le bâtiment prend le nom, en 2016, de maison de l’université (MDU), pour faire pendant à la maison des étudiants (MDE).

Ce chantier architectural emblématique est récompensé par une distinction. Parmi les 129 projets d’architecture sélectionnés pour le concours du trophée des collectivités locales[14], le projet de restauration de l’ancien hôtel Goudimel, mené par le cabinet Lefranc-Corbet, se voit décerner le premierprix national lors de la remise du trophée le 11 janvier 1994 à Paris.