Les besoins d’agrandissement de l’hôpital Saint-Jacques au centre-ville de Besançon, afin de construire une nouvelle maternité, engendrent un projet de relocalisation du jardin botanique. Dans la perspective d’une nouvelle implantation pour ce dernier, se renforcent les besoins de construction de locaux d’enseignement et de recherche en histoire naturelle (botanique, zoologie et géologie), s’appuyant sur les collections muséales de l’université, jusqu’alors dispersées.
Plan du Jardin botanique de Besançon, Place du général Leclerc, selon le schéma d’installation initial : dessin et organisation de la végétalisation des différentes parcelles, entre 1960 et 1970 ; sérigraphié sur papier plastifié. Dessinateur inconnu, université de Franche-Comté, Jardin botanique. Gérard Dhenin.
Ainsi, le projet de site universitaire dit « de la place Leclerc » va émerger, pour fédérer l’institut botanique, la section de biologie animale et la section de géologie, en un nouvel Institut jurassien d’histoire naturelle. En 1955, un bâtiment, conçu et réalisé par l’architecte René Tournier, permet d’installer les laboratoires de botanique, de zoologie et de géologie, ainsi que le musée d’histoire naturelle de l’université, différent du muséum de Besançon dépendant de la ville.
Plan du Jardin botanique de Besançon, Place Leclerc : rectification au plan 840 des plates-bandes systématiques, échelle au 0,005 pm par A. Marchand. Del, date inconnue. Université de Franche-Comté, Jardin botanique. Gérard Dhenin.
Tout autour du bâtiment, le site de 1,2 hectare est dévolu aux collections de plantes vivantes. C’est Antonin Tronchet, professeur de botanique depuis 1946, et directeur de l’institut et du jardin botaniques, depuis 1949, qui supervise les travaux et l’aménagement des nouvelles collections, avec son équipe et l’appui de l’université et de la ville. Celui-ci édite d’ailleurs deux documents en 19511, dans lesquels il donne alors sa vision d’un jardin botanique universitaire moderne, remplissant les missions de son temps. Outre les aménagements classiques indispensables, il égraine des massifs en rapport avec l’activité de recherche en géobotanique régionale, des parcelles pédagogiques pour présenter divers aspects nouveaux de la botanique, notamment la physiologie, destinés aux étudiants et aux scolaires, et enfin des parcelles reconstituant des végétations naturelles décrites par les scientifiques de Besançon.
Serres du Jardin botanique de Besançon, Institut des sciences naturelles, Place Leclerc. M. Taboureau, responsable des collections, montre les feuilles à plateau du Victoria regia d’Amazonie en fleur, dans le bassin chauffé de la serre, en 1958. Bibliothèque municipale de Besançon, Ph 7101-7105. Bernard Faille.
Selon les plans d’aménagement de l’époque de René Tournier, le jardin botanique dispose alors de serres botaniques organisées en une partie centrale de présentation des collections chaudes et une petite chapelle de serre froide. Une autre serre tropicale humide offre un bassin chauffé à Victoria regia, « la reine des plantes » selon le professeur Tronchet, au regard des nombreuses notices manuscrites qu’il aura rédigées à son sujet pour la presse, et enfin, une zone de multiplication. Le jardin extérieur est aménagé dans une conception assez classique, avec notamment la grande parcelle systématique, en arcs de cercle, des écoles de botanique. Elle fait face aux serres et à l’orangerie. Un alpinum à rocailles calcaires et siliceuses et une série de bassins présentent une superbe vitrine des écosystèmes du massif jurassien, avec la mare, la tourbière, la rivière et un grand bassin « étang » du côté sud, offrant une vue privilégiée sur la vieille ville et sa citadelle. Dans le prolongement du bâtiment, un arboretum est installé, avec une section de conifères et une section de feuillus.
Vues aériennes de Montrapon, vue aérienne du Jardin Botanique, vue de la place Leclerc après réaménagement (5 pièces), 1980-2000. Bibliothèque municipale de Besançon, 6Fi325. Jean-Paul Tupin.
Le jardin, inauguré en 1956, est ouvert au public en 1957, mais son aménagement, sous la direction d’A. Tronchet, se poursuit jusqu’en 1967. Diverses archives de l’université, sous forme de plans des parcelles extérieures, précisent l’emplacement de tous les végétaux à l’installation du jardin. Sous l’influence du professeur et grâce à l’investissement sans faille du conservateur et des jardiniers de la ville et de l’université, les collections botaniques vivantes et muséales vont très rapidement s’enrichir, conférant stature internationale et renommée au jardin botanique de Besançon.