Sous le mandat de Claude Condé, en 2006, l’université représente 80 % de la recherche publique en Franche-Comté. Conscient de son rôle dans le développement local, il mène une politique volontariste d’ouverture de l’université à la fois sur son environnement socio-économique et sur l’étranger. Le vice-président du conseil scientifique, Thierry Moulin, est également délégué pour les relations avec le CHU. Dans le cadre du contrat d’établissement 2006-2012, d’importantes nouvelles restructurations sont réalisées. Un certain nombre d’équipes de recherche des établissements d’enseignement supérieur constituant le nouveau PRES (pôle de recherche et d’enseignement supérieur) de Bourgogne et de Franche-Comté, s’associent en fédérations de recherche. Cela permet d’accroître la visibilité et la reconnaissance internationale des équipes, tout en continuant de mutualiser et d’optimiser les moyens.
ThéMA, laboratoire de recherche spécialisé en géographie théorique et quantitative, ouvre, en 2007, une antenne à l’université de Bourgogne à Dijon. Inversement, le Centre de recherche en gestion des organisations (CREGO) se dote, en 2014, d’une antenne à l’université de Franche-Comté en 2014. En 2010, l’observatoire de Besançon, école interne de l’UFC créée en 1878, devient l’OSU THETA[1], fédérant cinq laboratoires[2] et relevant de l’université de Franche-Comté, de l’université de Bourgogne et de l’ENSMM.
Toujours en 2007, l’Institut UTINAM[3] naît de la fusion des trois laboratoires d’astrophysique, de physique moléculaire et de chimie des matériaux et interfaces. D’autres équipes s’étoffent et se précisent encore davantage, c’est le cas pour FEMTO-ST[4] (qui obtient le label Carnot), pour la MSHE Cl. N. Ledoux (labellisée unité mixte de service et de recherche) et l’IFR 133 IBCT. Les activités régionales en bio-ingénierie sont confortées grâce à la création d’un institut qui leur est propre. Il fédère, pour ce secteur, les forces des équipes de recherche de l’UFC, du CHU, de l’Établissement français du sang et de sociétés privées de biotechnologies. L’équipe de Chrono-environnement réunit les laboratoires de géosciences, de biologie-environnementale et de chrono-écologie. En janvier 2012, le Centre Jacques-Petit et le LASELDI additionnent leur force pour donner naissance à ELLIADD (édition, langues, littérature, informatique, arts, didactique, discours).
Ainsi, lors du mandat de Claude Condé, entre 2006 et 2012, les équipes de recherche passent de 36[5] à 27[6] et les secteurs de recherche de six à trois : sciences de l’environnement et de la santé (SES) ; sciences de l’homme et de la société (SHS) ; sciences pour l’ingénieur et sciences fondamentales (SIF). La recherche compte toujours un institut fédératif ingénierie et biologie cellulaire (IBCT) (INSERM/CNRS/CHU) et cinq plateformes technologiques[7]. Parmi celles-ci, le nouveau mésocentre de calcul, fort de l’acquisition d’un super calculateur, est inauguré en 2010. De même, afin de se doter d’outils novateurs dans le respect de la politique d’établissement, l’UFC s’engage dans la démarche collective des trois pôles de compétitivité : Microtechniques, Véhicule du futur et Vitagora. C’est également sous le mandat de Claude Condé qu’est créée, en décembre 2010, une fondation de coopération scientifique réunissant l’université de Bourgogne et l’université de Franche-Comté, basée à Dijon. S’inscrivant dans le cadre du pôle de recherche et d’enseignement supérieur (PRES)[8], elle est chargée de lever des fonds pour la recherche et de la valoriser au niveau socio-économique.
