Premier président élu en 1971, Jean Thiébaud dispose pour son mandat d’une équipe de collaborateurs très réduite composée d’un vice-président et d’un secrétaire général chargé de la gestion de l’établissement. Dans un établissement public d’enseignement supérieur, la nomination de ce dernier est prononcée par le ministre de la Jeunesse, de l’Éducation nationale et de la Recherche, sur proposition du président de l’université ou du directeur de l’établissement. Pour l’accompagner, le nouveau président fait appel à un homme de confiance avec qui il travaille depuis plusieurs années, Georges Lambert (1924-2017), conseiller administratif des services universitaires et chef des services administratifs de la faculté des sciences (UER sciences exactes et naturelles).

G. Lambert est le premier à exercer les fonctions de secrétaire général, qu’il poursuit durant quatorze ans, lors des mandats des deux présidents suivants, Pierre Lévêque et Jacques Robert. À ce titre, il exécute et met en œuvre les décisions prises par le président ou résultant des délibérations des conseils que ce dernier préside. En 1971, les débuts de cette fonction, où il faut installer la réforme issue de la loi Faure de novembre 1968, sont difficiles. Si la présidence de l’université existe juridiquement depuis 1971, dans les faits, elle ne possède ni locaux ni personnels propres. Dans un contexte où les vagues créées par les évènements de Mai 68 ne sont pas encore apaisées, cette première équipe de direction pose les fondations de la nouvelle université, avec des collaborateurs “prêtés” ou extraits, non sans réticences parfois, de leur faculté d’origine. Il doit animer et coordonner les services, y compris ceux des nouvelles unités d’enseignement et de recherche, UER très loin d’accepter la perte d’autonomie de leur ancienne faculté.
L’administration n’est que très progressivement centralisée et doit laisser à chaque composante une large part des responsabilités, en raison de la dispersion des locaux de l’université, du manque de personnel pour les services généraux et de la réelle lenteur du ministère à augmenter la dotation en personnels administratifs. G. Lambert ne ménage pas ses efforts tout au long de sa carrière. Très rigoureux, il est souvent qualifié de « sévère mais juste » par les personnels. Il part en retraite lorsque Jean-François Robert est élu, en février 1986.
Suivant le schéma précédent, le nouveau président fait aussi appel à un ancien collaborateur de confiance, chevronné, Michel Roignot, autrefois secrétaire général de la faculté de médecine et de pharmacie lorsque J.-Fr. Robert en était le doyen.

Témoignage de Michel Roignot :
Lundi 17 février 1986, par un froid matin d’hiver, je rejoins mon bureau au premier étage de l’IUT de Besançon, où était encore hébergée la présidence de l’université. À cette date, je prends mes nouvelles fonctions auprès de Jean-François Robert, tout juste élu président de l’université de Franche-Comté, qui m’a choisi pour en être le secrétaire général.
À l’époque, cette fonction n’est pas bien définie et est peu reconnue. La jeune université, issue des évènements de mai 1968, n’a qu’une quinzaine d’années. Sa présidence peine à trouver sa place face à la résistance ancrée des UER, ayant eu auparavant statut de facultés, et de leurs doyens disposant chacun de leur propre secrétaire général.
Considéré comme le bras droit du président, le secrétaire général de l’université est alors cantonné dans des missions de veille administrative et de secrétariat des instances. Chef des seuls services centraux de l’établissement, je dois composer avec mes collègues homologues dans chacune des facultés. C’est un rôle de notaire, garant de la sécurité juridique des décisions prises et de leur bonne mise en œuvre.
Peu à peu cependant, cette situation va évoluer pour trois principales raisons. Tout d’abord, le président Jean-François Robert affirme sa volonté tenace de mettre en œuvre une politique globale de développement de l’établissement, affranchie des seules volontés des unités de formation et de recherche (UFR). Ensuite, à cette période, les politiques publiques contractualisées, en matière de formations et de recherche, se mettent en place. Dans cet objectif, les partenaires de l’université (État, région et même entreprises du secteur privé) ne souhaitent s’entretenir qu’avec leur seul interlocuteur identifié qu’est le président de l’université. Enfin, la complexité grandissante des opérations de gestion, liée à l’augmentation galopante des effectifs d’étudiants (plus de mille par an dans les années 1990) nécessite la mise en œuvre d’outils de gestion informatique nouveaux, complexes et communs à toute l’université.
C’est à ce moment, au début des années 1990, que la fonction de secrétaire général prend de l’ampleur, s’élargit et se rapproche du modèle des directeurs généraux des services que l’on trouve dans les grandes collectivités – région, département, commune. Au fil des entretiens quotidiens avec le président et des multiples réunions avec l’ensemble des partenaires de l’université, je deviens son conseiller dans la définition des politiques de l’établissement, pilote de leur mise en œuvre, de leur gouvernance et de leur évaluation.
L’augmentation rapide des effectifs étudiants conduit au renforcement et à la professionnalisation accrue des services administratifs existants, voire à la création de nouveaux, tels que le service du patrimoine immobilier chargé d’accompagner la construction de nouveaux bâtiments dans le cadre du vaste plan Université 2000. La nécessité de processus communs et partagés s’impose et cette homogénéisation se fera par le biais des nouveaux logiciels informatiques de gestion mis en place à cette époque.
Ainsi, le secrétaire général devient progressivement le responsable, le directeur général des services (finances et budget, ressources humaines, scolarité et insertion professionnelle, gestion de la recherche, gestion patrimoniale, gestion du système d’information) et son action s’étendent à tous les niveaux et à tous les échelons de l’université. Vendredi 31 août 2001, j’apprends ma nomination à l’inspection générale de l’administration et je quitte mon bureau, désormais situé à l’hôtel Goudimel. Mon parcours est tout un symbole : des locaux de l’IUT à ceux du centre-ville, du secrétaire général au directeur général des services.
Comme Georges Lambert, Michel Roignot exerce pendant 15 années[1] et poursuit son travail jusqu’en décembre 2001, pendant les mandats successifs des présidents Woronoff et Oytana. Responsable des personnels administratifs et techniques de l’établissement, il a pour champs d’attribution les domaines suivants : gestion de l’étudiant et des enseignements, gestion financière (élaboration du budget, répartition des moyens), gestion des ressources humaines et du patrimoine (constructions et maintenance).
En 2001, le départ de Michel Roignot coïncide avec la prise de fonction de la nouvelle présidente. Dès décembre 2001, Françoise Bévalot fait appel à Louis Bérion, précédemment chef de la division des personnels enseignants au rectorat de l’académie de Besançon. Il poursuit ses fonctions également sous le président Condé, jusqu’en 2012, soit onze années au total.

Au 1er janvier 2010, lors du passage aux responsabilités et compétences élargies (RCE), issues de la loi Pécresse de 2007, l’université étend fortement ses missions, et celles du secrétaire général des services évoluent de concert. Dans le cadre du dialogue entre l’État et les établissements, cette mission assure la transversalité nécessaire pour répondre au mieux aux exigences d’un pilotage réactif, permettant une vision globale des projets de la gouvernance. C’est ainsi que la reconnaissance de cette fonction d’importance se concrétise avec le décret 2010-175 du 23 février 2010 (revu en mars 2017), qui la redéfinit sous le nouveau titre de « directeur général des services (DGS) ». Nommé par le ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, sur proposition du président de l’université, le DGS, principal collaborateur et conseiller direct du président, est chargé de la gestion de l’établissement, sous son autorité[2]. La nomination est prononcée pour une durée maximale de cinq ans, ramenée ensuite à quatre renouvelables, sans que la durée totale d’occupation d’un même emploi puisse excéder huit ans. Dans les composantes, les secrétaires généraux des composantes ont également changé de titre, dès les années 1980-1990, pour s’intituler responsables des services administratifs (RSA).
C’est sur ce nouveau titre de directeur général des services que Jacques Bahi, qui exerce un double mandat de huit années, recrute tout d’abord Christophe de Casteljau, à partir du 1er septembre 2012. C’est une fonction que l’intéressé maîtrise, pour avoir été secrétaire général de l’université de Haute-Alsace (UHA), puis de l’université de technologie de Belfort-Montbéliard (UTBM). Il connaît également très bien l’UFC, où, en 1997, il a été responsable du service universitaire commun d’information et d’orientation. Puis il a eu, en 1999, comme Michel Roignot, la responsabilité administrative de l’UFR des sciences médicales et pharmaceutiques, avant d’occuper la fonction de directeur des services financiers en 2003.

Le 1er octobre 2017, la première femme directrice des services lui succède : Rabia Degachi.

Recrutée par J. Bahi, R. Degachi possède déjà une expérience de DGS adjointe et de DRH à l’université de Lyon 2, mais également de directrice de l’enseignement supérieur au rectorat de Lyon. Venue en détachement pour cette mission de quatre années, elle poursuit ses fonctions de DGS pendant la première partie du mandat de Macha Woronoff, jusqu’en septembre 2021. Le 13 décembre suivant, Thierry Camus est nommé à ce poste, qu’il connait lui aussi bien, pour l’avoir occupé précédemment à l’université de Versailles Saint-Quentin.

Pour exercer leur mission, les secrétaires généraux, puis les DGS, bénéficient de l’appui de personnels d’encadrement à leur côté. Intitulés initialement « adjoints au DGS », leur titre évolue ensuite vers celui de « DGS-adjoints », certains cumulant ce titre avec celui de directeur des ressources humaines. Membre à part entière de l’équipe de direction, le DGS participe, avec voix consultative, au conseil d’administration et aux autres instances administratives de l’établissement en application de l’article L.953-2 du code de l’éducation. En articulation avec les vice-présidents, qui ont une légitimité politique dans le domaine qui leur est confié, le DGS exerce une autorité hiérarchique et fonctionnelle sur les services et sur l’ensemble des personnels BIATSS de l’établissement et de toutes ses composantes. Dans ce cadre, le directeur général des services acquiert un double rôle d’assistant à maîtrise d’ouvrage et de maître d’œuvre du projet stratégique de l’établissement, ce qui en fait le principal collaborateur et un conseiller direct du président ou du directeur de l’établissement.