Très vite après l’ouverture, en 1845, de la nouvelle faculté des sciences de Besançon, Charles-Cléophas Person¹ (1801-1884), qui est le premier professeur à en occuper la chaire de physique, témoigne dans une publication d’une curiosité pour les phénomènes optiques². Cet intérêt se confirme ensuite, en 1856, avec les études sur la diffraction de Jean-Antoine Quet (1810-1884) qui marque le début des recherches systématiques sur la lumière et ses applications à Besançon.

Ces deux personnalités scientifiques sont cependant en conflit, un différend hiérarchique les oppose : Jean Antoine Quet, alors recteur, ne supporte pas que Charles-Cléophas Person, alors doyen de la faculté des sciences, écrive personnellement au ministre et au maire sans passer par lui.

L’un des points de friction concerne le jardin académique. Le recteur veut s’en attribuer la jouissance exclusive, alors que son usage a été confié en 1844 par la ville à la faculté des sciences, comme terrain d’expérimentations scientifiques. Le 4 mai 1855, J.-A. Quet, en sa qualité de recteur, écrit au ministre Hippolyte Fortoul (1811-1856) : « j’ai aussi quelque peine à comprendre pourquoi, dans les dix premiers jours de mon rectorat [en 1854], j’ai été obligé d’empêcher que l’on enterrât le cadavre en putréfaction d’une hyène dans une partie de jardin très rapprochée de mes fenêtres, ni comment il se fait qu’à la même époque, il m’ait fallu ordonner de retirer les feuilles pourries, c’est-à-dire les fumiers du jardin³, qui avaient été entassées non pas en un endroit retiré mais tous près de mes fenêtres, et finalement demander l’expulsion du domestique qui, même après vingt jours, n’avait pas encore exécuté mes ordres »⁴. En 1856, sans doute las de ce bras de fer, le recteur quitte Besançon pour occuper le même poste à l’académie de Grenoble.