Né à Arbois, formé au grand séminaire de Besançon, Jean Girard succède en 1699 à l’abbé Étienne Cuillerie († 1698) sur la chaire de théologie que celui-ci occupait depuis plus de 30 ans, d’abord à Dole, puis à Besançon.
Homme résolument tourné vers l’avenir, l’abbé Girard entend sortir la faculté de théologie d’une certaine torpeur liée à l’âge avancé des deux précédents titulaires et aux habitudes importées de Dole par ceux-ci. Son action va très vite se porter sur la promotion de la faculté et de ses enseignants. C’est ainsi qu’il sollicite du roi – sans succès – un arrêt reconnaissant pour l’ensemble du royaume la validité des diplômes de théologie délivrés à Besançon. De même, afin d’améliorer les revenus des enseignants de théologie, liés naguère à des canonicats dolois tombés après la translation de l’université à Besançon, Jean Girard parvient à faire transférer à ce profit les bénéfices du prieuré de Mouthier. Plus tardivement, pour revaloriser les diplômes décernés par la faculté, il essaye de rompre la tradition locale consistant à remettre en une seule fois aux titulaires les trois grades du baccalauréat, de la licence et du doctorat en théologie, sans toutefois y parvenir de façon durable.
Bibliophile passionné, il persuade très vite ses collègues de l’utilité d’une bibliothèque. Pour encourager sa création1, il fait généreusement don de tous ses ouvrages et parvient à assurer une ressource régulière pour les achats, qu’il finance avec les 50 écus versés chaque année par l’imprimeur-juré de l’université. Dès lors, la bibliothèque ne cesse de s’enrichir, à tel point qu’au milieu du XVIIIe siècle, la circulation des livres y est devenue si active qu’un registre des prêts doit être ouvert afin d’éviter les pertes.
Élu recteur dès 1701, puis réélu en 1712, 1727 et 1737, Jean Girard est réputé audacieux au point d’inquiéter ses collègues, et même l’archevêque de Besançon. Son action, jusqu’à son décès le 19 octobre 1743, a pour résultat d’accroître le prestige et l’attractivité de la faculté de théologie et d’élargir le recrutement des étudiants dans toutes les provinces de l’Est. Prêtre d’une génération fortement influencée par l’enseignement renouvelé offert par le séminaire de Besançon selon les canons du concile de Trente, Jean Girard est un homme de transition au sein d’une institution universitaire qui opère sa modernisation à la faveur de sa relocalisation bisontine.
