La station agronomique de Franche-Comté est répertoriée pour la première fois, en 1881, dans l’Annuaire du Doubs sous le nom de station agronomique de Besançon. Elle voit toutefois le jour au moins deux années auparavant car, en 1879, Philippe Barbier (1848-1922), chargé du cours de chimie à la faculté des sciences de Besançon, est nommé directeur de la station agronomique. De 1879 à 1884, Barbier dirige la station, puis part pour Lyon comme professeur et devient alors célèbre pour la réaction de Barbier1, et, d’une façon plus générale, pour les conditions de Barbier.
Création de la station agronomique, séance du 14 avril 1875, extrait du registre des délibérations du Conseil général du Doubs. Archives nationales. Pierre Verschueren.
Ensuite, c’est le professeur de botanique Antoine Magnin (1848-1926) qui gère, à distance, la station et le pilotage de l’enseignement agricole, car il marque plus d’intérêt pour ses activités liées à la pharmacie et à la géographie botanique. Il s’attache toutefois à faire créer un cours de botanique agricole en 1898, puis une chaire homonyme en 1902. De 1898 à 1920 environ, la station agronomique est ainsi dirigée par Paul Évariste Parmentier (1860-1941). Cette institution est officiellement reconnue par arrêté ministériel du 18 juillet 1901. D’après divers documents des archives départementales du Doubs, en 1910, elle agrège plusieurs structures. Tout d’abord, quatre laboratoires : un laboratoire départemental pour la répression des fraudes (arrêté du 10 novembre 1908), un laboratoire de bactériologie agricole, un laboratoire de maladies des plantes agricoles, un laboratoire d’analyses de productions agricoles. Il existe aussi une station régionale d’essais de semences, des champs d’expérience à Châteaufarine et des terrains mis à disposition par l’office agricole départemental pour des expérimentations d’acclimatation de cultures sur un gradient climatique lié à l’altitude.
Collection pédagogique de graines et plantes d’intérêt agronomique conservées dans des bocaux. Rouille du poireau (février 1923, Châteaufarine), écorces de Quebracho aux propriétés tinctoriales du Centre d’études agricoles de l’université de Besançon / Farine Mottet de Bresse et Poulard d’Australie, dons de la station régionale de sélection des semences de Châteaufarine -Doubs- à l’Institut et du Jardin botaniques de l’université et de la Ville de Besançon. université de Franche-Comté, Jardin botanique. Gérard Dhenin.
Durant toutes les années de la direction du professeur Parmentier, l’intégralité du territoire départemental est parcourue pour analyser les sols, les disponibilités en eau, les types de sols et de roches, les adversités climatiques diverses en vue d’établir, pour chaque commune, une carte agronomique ainsi qu’un fascicule descriptif de la carte, dans lesquels des conseils de plantation et de gestion sont prodigués en vue d’améliorer la productivité régionale.
Carte agronomique de la commune de Boussières, dressée par Paul Parmentier, directeur de la station agronomique de Besançon, avec le concours de M. Fournier, professeur de géologie à la faculté des sciences, dessinée et coloriée par E. Mentrier, vers 1900-1915. Bibliothèque municipale de Besançon, Ge c 1023
En 1920, le professeur Philippe Eberhardt est nommé sur la chaire de botanique agricole, à laquelle est adjointe la chimie agricole, alors que le professeur Parmentier prend la tête de l’institut de botanique de Besançon. À l’accession aux droits à la retraite du professeur Parmentier en 1930, la chaire de botanique agricole et la chaire de botanique générale sont fusionnées en une chaire de botanique générale et appliquée, et P. Eberhardt en profite pour modifier le statut de la station et ouvrir un centre d’études agricoles, dont les missions sont l’enseignement, la recherche et la gestion de la station de Châteaufarine.
Après la guerre, seule la chaire de botanique générale est renouvelée, la station agronomique et le centre d’études agricoles tombent dans l’oubli. L’université de Franche-Comté n’assumera plus d’enseignement agricole, ni de recherche agronomique.
