La législation modifiant les statuts et la gouvernance des universités a connu une longue période d’inertie puisque 70 ans séparent la loi de 1896 et la loi Faure de 1968. Mais seulement seize ans se sont écoulés entre cette dernière et la loi Savary de 1984, qui a précédé de 23 ans la loi Pécresse (Liberté et responsabilités des universités ou LRU) de 2007, remplacée par la loi Fioraso six ans plus tard. Á celles-ci, il faut ajouter les lois centrées sur la recherche, notamment la loi pour la recherche de 2006 et la loi de programmation de la recherche de 2020, qui ont fait évoluer les dispositifs de financement et d’évaluation. Cela témoigne de l’intense activité législative qui a accompagné les trois grands mouvements de transformation ayant affecté les universités françaises depuis les années 1980.
Les universités disposent d’une autonomie institutionnelle plus forte. La politique de contractualisation entre le ministère et chaque établissement, à la fin des années 1980, a fait émerger chaque université comme niveau de coordination des logiques facultaires et comme interlocuteur légitime de la tutelle. La loi LRU de 2007 – même si elle a été légèrement amendée par la loi de 2013 – a renforcé les capacités d’action des équipes présidentielles, notamment en leur transférant la gestion de leur masse salariale, voire pour certaines de leur parc immobilier. L’ordonnance de décembre 2018, en donnant aux établissements qui le souhaitaient la possibilité d’adopter des statuts qui dérogent aux dispositions nationales, a encore accentué cette dynamique de plus forte autonomie.
Les universités font face à une mise en compétition généralisée. Depuis le milieu des années 2000, l’État a mené une politique visant explicitement des objectifs de performance et s’appuyant sur une répartition sélective des ressources. Il a multiplié les appels à projets nationaux, intensifiant ainsi la mise en compétition entre les équipes de recherche et entre les enseignants-chercheurs, mais aussi entre les universités, et accentuant volontairement différenciation verticale et différenciation horizontale au sein du système universitaire.Le paysage universitaire est reconfiguré. La politique de coordination territoriale portée par les gouvernements successifs dans les PRES (pôles de recherche et d’enseignement supérieur, créés par la loi de 2005), puis les regroupements possibles (loi Fioraso 2013), n’a certes pas été couronnée de succès. Cette dernière proposait trois modalités de fonctionnement, de la plus intégrée à la plus souple : la fusion, la communauté d’universités ou d’établissements[2] (Comue), l’association. La plupart de ces regroupements n’existent plus qu’en pointillés ou ont disparu, mais d’autres processus ont été engagés localement et ont fortement modifié la carte. Ainsi, dans la majorité des métropoles, les universités à coloration disciplinaire, nées de la loi de 1968, ont, à la faveur de fusions, cédé la place à de vastes établissements pluridisciplinaires. Dans d’autres cas, des universités ont constitué de nouveaux établissements en fusionnant avec des écoles ou des organismes de recherche qui ont, certes, gardé leur personnalité juridique, mais qui sont désormais membres d’un regroupement.