L’enseignement du sport dans les universités débute en 1929. À cette date, le ministre de l’Éducation nationale demande au recteur de Besançon d’organiser des conférences sur l’éducation physique, sous l’autorité de l’institut régional d’éducation physique de Lyon. Cette tâche est confiée au docteur Maurice Duvernoy[1], professeur d’anatomie à l’école de médecine de Besançon, qui obtient la création d’un centre d’éducation physique l’année suivante. Celui-ci se transforme ensuite en institut universitaire[2], puis en institut régional d’éducation physique (IREP)[3], en 1932.

Cependant, le 7 mai 1956, un décret confirmant la délibération du conseil de l’université de Besançon portant suppression de l’IREP est signé. Bien que le décret du 14 octobre 1966 prévoie la réouverture des IREP fermés et que le décret de création de l’unité d’enseignement et de recherche (UER) en éducation physique et sportive (EPS) de Besançon date du 10 avril 1969, il faut attendre 1975 pour que cette structure voit le jour. Le recteur Pierre Magnin impose cette création contre l’avis de l’université de médecine, de la ville de Besançon et des syndicats[4] et fait installer l’UER EPS dans les locaux du site de l’Arsenal. Les Francs-Comtois étaient jusqu’alors obligés de se former dans les centres régionaux d’éducation physique et sportive (CREPS) de Strasbourg, de Reims ou dans les UER EPS de Dijon ou de Lyon. Jean-Michel Bonnard en prend la direction et les référents scientifiques sont les docteurs Henry (président) et Jacqueline Duvernoy, les enfants du docteur Maurice Duvernoy.

Les débuts sont délicats. L’UER EPS s’installe au quatrième étage d’un bâtiment de la faculté de médecine dans le site de l’hôpital Saint-Jacques ; il ne dispose que de quatre salles de cours et ses emplois du temps doivent s’intégrer au fonctionnement général de l’UER de médecine. Pour exister, l’UER EPS doit prélever sur le SUAPS deux postes de professeurs et une partie substantielle de ses crédits d’animation en enseignement. Cette instance universitaire rencontre de grandes difficultés pour obtenir la construction des indispensables installations sportives, en dépit de multiples démarches auprès du rectorat, de la direction régionale de la Jeunesse et des Sports et de la municipalité de Besançon. À la Bouloie, elle dispose d’équipements sportifs extérieurs (cours de tennis, piste d’athlétisme, terrain de rugby, de football, de volleyball…), construits en 1963, et du gymnase de la Bouloie, conçu par Georges Jouven en 1967.

Afin d’éviter les déplacements vers les installations sportives de la ville et vers le campus excentré, le recteur Magnin s’emploie, pendant son mandat, à convaincre la municipalité d’engager des travaux pour édifier une nouvelle entité à la Bouloie.

Le 1^er septembre 1978, le plan de relance de l’éducation physique et sportive en France de Jean-Pierre Soisson, ministre de la Jeunesse et des Sports, apporte une cruelle déconvenue. Il comporte une série de mesures pour combler le retard existant dans l’enseignement secondaire[5]. Cent cinquante postes de professeurs d’EPS de l’enseignement supérieur, soit un tiers de l’effectif alors en service, sont transférés autoritairement dans l’enseignement secondaire. De plus, le ministre envisage de confier l’animation à des étudiants. Par ailleurs, obligation est faite à tous les enseignants d’assurer deux heures supplémentaires par semaine. De ce fait, le ministre n’inscrit aucun poste de professeur d’EPS à son projet de budget de 1979, menaçant de chômage les 2 500 étudiants inscrits en préparation au CAPEPS et l’existence des UER d’EPS, leurs établissements de formation. En octobre 1978, l’éducation physique et sportive universitaire est touchée de plein fouet par ces mesures gouvernementales. Jean-Michel Bonnard est directeur de l’UER d’éducation physique et sportive et Yves Joseleau nommé directeur du SUAPS depuis 1975. Devant la gravité de la situation, Pierre Lévêque, président de l’université, s’émeut. Le conseil de l’UER d’EPS, réuni le 29 septembre 1978 en séance extraordinaire, adresse une motion à « Monsieur le Ministre » et une lettre à tous les élus de Franche-Comté[6]. Il condamne solennellement une telle orientation qui menace les cursus universitaires de DEUG et de licences en STAPS en conduisant leurs étudiants au chômage et demande au ministre d’inscrire au budget le nombre de postes prévus au plan d’actions prioritaires décidé par le gouvernement en 1975.

Les effectifs des étudiants ne cessent de croître, notamment à partir de 1981, en raison de l’ouverture de nouvelles formations en licence : licence activités physiques adaptées (APA), puis filières management, entraînement sportif et éducation motricité. En 1983, l’UER EPS obtient ses premiers locaux, en propre, à la Bouloie.