En 2001, en ouvrant à Lons-le-Saunier la licence professionnelle protection de l’environnement, mention gestion et traitement des déchets (GTD), l’université s’ancre dans le Jura et donne tout son sens à son intitulé d’université de Franche-Comté. Avec cette nouvelle implantation, chacun des départements de la région d’alors compte un site de formation universitaire.

L’objectif de ce diplôme est de former des spécialistes de la gestion, de la collecte et du traitement des déchets. Cette initiative naît sous l’impulsion de Dominique Voynet[1], ministre de l’Aménagement du territoire et de l’Environnement, et de Jacques Pélissard[2], député-maire de Lons-le-Saunier, qui veut faire de sa ville une vitrine environnementale et une référence en France dans ce domaine. Le Jura, où le tri sélectif des ordures ménagères est engagé dès 1992, est également un département pilote en la matière. Le parcours GTD vise à former des techniciens supérieurs encadrant des équipes, communicants et aptes à gérer, valoriser, réemployer, recycler tout type de déchet. Dans le cadre d’une économie circulaire, le déchet est considéré comme une nouvelle ressource potentielle.

C’est Éric Cavalli, enseignant en chimie analytique à l’UFR sciences et techniques (ST) de l’UFC, qui crée et assure la responsabilité[3] de cette formation novatrice, accessible avec un diplôme bac +2 (DEUG, DEUST, DUT, BTS). Elle s’inscrit, depuis 1986, dans le pôle sciences de l’environnement en développement à l’UFR ST de Besançon. Un stage professionnel de trois mois et un projet tutoré complètent l’enseignement fondamental. Aux côtés des universitaires, principalement issus de l’UFR ST et venus de Besançon, de nombreux cours sont assurés par des professionnels confirmés. Le pôle de compétence déchets Rudologia[4], garant du volet professionnel de cette formation, est chargé de son secrétariat et gère les experts intervenants extérieurs. Rudologia est coresponsable de trois unités d’enseignement. Le syndicat départemental du traitement des ordures ménagères (Sydom) du Jura, reconnu comme incubateur de pratiques innovantes, constitue un autre partenaire.

Cette ouverture rencontre aussitôt une grande attractivité car cette licence professionnelle est, hormis celle du Havre et d’Albi, unique à l’échelle nationale.

Vingt-cinq étudiants venant de toute la France sont sélectionnés, sur 120 candidatures. Ils ont, pour la plupart, déjà suivi des études en chimie, biologie ou environnement et ils sont très motivés dans leur engagement pour l’environnement. Les étudiants lédoniens s’insèrent professionnellement très vite car, au début des années 2000, la filière des déchets comptabilise alors 175 000 emplois en France. Le succès de cette licence professionnelle GTD fait école et d’autres formations équivalentes, proposées dans des universités voisines, commencent à la concurrencer. Pour se singulariser, l’accent est alors mis sur une meilleure adéquation entre les profils des étudiants et les emplois visés, en renforçant les volets en technologie, droit, économie, qualité et sociologie.

En novembre 2004, Rudologia, en partenariat avec l’UFC, ouvre pour quelques années, toujours dans ce même domaine, une formation complémentaire de type bac +1, sanctionnée par un diplôme universitaire : E = MC²[5]. Intitulé protection de l’environnement et gestion des déchets, ce diplôme, qui n’est pas reconnu au niveau national, l’est au niveau régional. Il répond aux besoins des entreprises locales de ce secteur professionnel dont 80 % des salariés n’ont pas le bac, mais qui ont besoin d’une main-d’œuvre qualifiée, tout en répondant aux nouvelles évolutions de la législation.

Le 11 septembre 2006, l’université réceptionne un nouveau bâtiment pour son site universitaire de Lons-le-Saunier[6]. Celui-ci s’inscrit dans une aile rénovée de l’ancienne école normale des filles, pour accueillir les étudiants, qui occupaient précédemment des locaux dans un lycée voisin. Il comprend un amphithéâtre de 100 places, une bibliothèque avec des postes informatiques, des salles de classe banalisées, deux salles de TP et des bureaux pour une surface de 2 000 m².

L’ouverture d’une autre formation scientifique, le DEUG sciences de la vie, destiné aux titulaires d’un bac S, est envisagée pendant quelque temps, mais le projet ne se concrétise pas. À la rentrée 2008, une autre licence professionnelle en management des organisations, mentions techniques de management et développement durable des organisations, dépendant de l’institut d’administration des entreprises est ouverte, durant plusieurs années, sous la responsabilité de Laurence Godard, maître de conférences en sciences de gestion. Le site lédonien s’enrichit d’un nouvel ancrage universitaire à partir du 1^er janvier 2008. À cette date, l’institut universitaire de formation des maîtres (IUFM) de Franche-Comté intègre officiellement l’université par un vote à l’unanimité des conseils d’administration des deux structures et du Conseil national de l’enseignement supérieur et de la recherche (CNESER). Ces IUFM, héritages des anciennes écoles normales[7], proposent des formations diplômantes de niveau master (bac +4 et bac +5) permettant l’accès aux concours de l’enseignement.

Cette centaine d’étudiantes et d’étudiants bénéficie, depuis 2001, d’une nouvelle médiathèque, réalisée par les architectes Gilles Reichardt et Gilles Ferreux, de Lons-le-Saunier. Elle est mutualisée avec le centre départemental de documentation pédagogique (CDDP) du Jura. Cette dernière structure prend le nom de réseau Canopé le 1^er janvier 2015^[8]. De son côté, l’IUFM devient en 2013 l’école supérieure du professorat et de l’éducation (ESPÉ), puis institut national supérieur du professorat et de l’éducation (INSPÉ) le 1^er septembre 2019. À la mission de formation initiale des enseignants du primaire et du secondaire, s’ajoutent des missions de formation continue, le développement de l’enseignement numérique, l’innovation pédagogique, la recherche et la formation des enseignants du supérieur. En 2022, cette médiathèque, nommée BU Éducation/Canopé Jura depuis 2016, prend l’appellation BU Éducation Lons, se séparant de l’atelier Canopé 39.

Le site universitaire lédonien compte annuellement une centaine d’étudiants. Les élèves infirmiers de l’institut de formation en soins infirmiers (IFSI) ont rejoint le site. Les locaux sont également fréquentés par les auditeurs de l’université ouverte. Dans ses objectifs, la licence professionnelle GTD a mis l’accent sur l’idée que « le déchet est une ressource ». Sous l’égide de l’UFR ST, elle est ouverte en alternance[9] depuis la rentrée 2020 (apprentissage, contrat professionnel) et elle peut s’effectuer en formation continue comme en formation initiale. Depuis la rentrée 2024, son parcours s’intitule gestion, traitement des déchets et économie circulaire (GTDéC).