À la fin du XX^e siècle, beaucoup d’universités françaises ne sont pas encore dotées d’un service juridique, dans la mesure où les différents services administratifs de ces établissements arrivent encore à se répartir la plupart des tâches incombant à un service spécialisé dans ce domaine. C’est, à cette époque, le cas de l’université de Franche-Comté. Les recours devant les juridictions administratives tendant à l’annulation de décisions prises au sein de l’établissement sont peu nombreux, tout comme les recours en référé correspondants. C’est, alors, le secrétaire général de l’université qui traite directement ces différents recours, sauf à la fin des années 1990, où certains dossiers portant sur la gestion des personnels sont suivis par la secrétaire générale adjointe de l’établissement.

Au début des années 2000 existe cependant, au sein de l’université, un Service des affaires générales de la présidence, confié à Jean-Louis Liénard. Ses missions comprennent en particulier l’organisation des élections aux trois conseils centraux de l’université[1], de l’élection de son président, ainsi que des élections au CNESER[2], la rédaction des décisions de délégation de signature du président et des arrêtés de concessions de logements au sein de l’établissement, et, si nécessaire, la vérification des modifications apportées aux statuts de l’université avant leur vote par son conseil d’administration.

Parallèlement, il organise les réunions de la section disciplinaire du conseil d’administration de l’établissement. Cependant, les procédures disciplinaires intentées contre des étudiants pour fraudes aux examens auraient pu relever du service central de la scolarité – il est vrai que le nombre de ces procédures disciplinaires demeure alors, lui aussi, très limité. Ce poste comprend, par ailleurs, des attributions relevant du Service intérieur (organisation du travail des personnels de service et des vaguemestres de la présidence, notamment). Ce responsable assure, seul, ces différentes tâches.

À partir des premières années du XXI^e siècle, la judiciarisation croissante de la société conduit à une augmentation des demandes d’annulation des décisions prises au sein des universités, ou de suspension de leurs effets immédiats, dans l’attente de la décision du juge administratif. Cette intensification des recours formés devant les juridictions administratives est facilitée par leur quasi-gratuité, puisqu’ils ne nécessitent pas de faire appel à un avocat (au moins en première instance). Confrontés aux implications juridiques de plus en plus importantes des affaires qu’ils ont à traiter, les présidents d’universités et leurs services administratifs prennent aussi conscience d’un besoin croissant de s’assurer, en amont, d’une conformité juridique complète de leurs décisions. Des compétences juridiques nouvelles sont également recherchées pour les contrats de recherche et pour la propriété intellectuelle, liées au développement des relations des universités avec leur environnement économique et social. Simultanément, le volume des affaires disciplinaires à traiter augmente, lui aussi, considérablement, et dans un laps de temps très court.

Ces changements sont observés dans toutes les universités françaises et conduisent beaucoup d’entre elles à se doter d’un véritable service juridique spécialisé. À l’université de Franche-Comté, cette évolution est beaucoup plus progressive. Dès la création de la direction de la valorisation de la recherche, en 1997, un accompagnement juridique, spécialisé dans les contrats de transfert vers les entreprises pour les laboratoires de recherche, voit le jour. En 2001, dans les services de la présidence de l’établissement, l’arrivée de Louis Bérion, nouveau secrétaire général de l’université, marque une évolution. Dans un premier temps, il demande à un avocat de gérer le traitement du contentieux devant les juridictions administratives. Puis, à partir du 1^er septembre 2002, il charge de cette tâche le nouveau responsable du service des affaires générales, Jean Barrin, précédemment affecté au rectorat de l’académie de Besançon. De son côté, lors de la mise en œuvre de la loi LRU (« libertés et responsabilités des universités »), adoptée en 2007, le président Claude Condé lui confie de surcroît la rédaction du projet de nouveaux statuts de l’établissement. Il en va de même, ensuite, pour toutes les modifications de ces statuts, jusqu’à la fin de l’année universitaire 2012-2013.

Ce responsable prend progressivement conscience de la nécessité d’instaurer, au sein de l’établissement, un contrôle préalable de la légalité de nombreux actes, tels que les modifications des statuts de toutes les composantes de l’université avant leur adoption par le conseil d’administration de l’établissement, ce qu’il obtient avec l’accord du secrétaire général de l’université. La présidence de l’université et les différents services de l’établissement manifestent également une demande croissante de conseils juridiques, à laquelle il s’efforce de faire face. Il fait porter ses efforts principalement sur les questions de scolarité et d’examens, domaines dans lesquels les contentieux juridictionnels deviennent parfois lourds de conséquences éventuelles pour l’établissement. Par exemple, à partir du début des années 2010, chaque été, à la fin du mois de juillet ou au début du mois d’août, un recours en référé tendant à la suspension des effets de la délibération du jury de la PACES (première année commune aux études de santé) est formé, devant le tribunal administratif de Besançon, par des étudiants contestant leur échec à l’examen très sélectif clôturant cette année d’études. De même, devant le refus de certains chefs d’entreprise de signer des conventions de stage qu’ils considèrent, à juste titre, comme irrégulières, le responsable du service rédige et fait adopter des modèles de conventions de stage d’étudiants communes à toutes les composantes de l’établissement.

Si, pendant toutes ces années, ni les trois présidents successivement élus en 2001, 2006 et 2012, ni le secrétaire général, ni même le responsable du service concerné, ne soulèvent la nécessité de voir se créer un véritable service juridique central distinct de celui des affaires générales, cette situation évolue au moment du départ en (pré)retraite de ce dernier, le 1^er septembre 2013. À cette date, l’université de Franche-Comté crée un service purement juridique dont la direction est confiée à Elouan Kergadallan, juriste spécialiste du droit de la propriété intellectuelle, qui exerçait déjà, à ce titre, au sein de l’établissement. Intitulé Service juridique et affaires générales, il s’étoffe d’un poste d’assistante juridique, sur lequel est nommée Christelle Traxer, qui gère, en particulier, le dossier des élections. De son côté, le Service intérieur devient un service autonome, avec une responsable[3], nommée par Christophe de Casteljau, directeur général des services.

En 2017, le service juridique poursuit son développement. Intitulé Direction des affaires juridiques (DAJ), il intègre, dans ses personnels, les trois collègues chargés des affaires juridiques, précédemment affectés à la direction de la valorisation. Cette nouvelle organisation centralisée permet de coordonner la force d’expertise juridique au sein d’un même service et d’harmoniser son fonctionnement et les procédures à mettre en œuvre. La nouvelle équipe s’installe dans les bureaux libérés à la maison de l’université par le départ du service informatique à la Bouloie. Elle accompagne ainsi les nouveautés : pour la première fois, en 2020, les élections des étudiants aux conseils de l’université se déroulent par vote électronique en raison de la pandémie COVID_19. Après Anthony Tyrode (2017), puis Camille Fernandes (2019) et Raphael Loulouga (2021), Françoise Paccaud est directrice du service depuis octobre 2022. L’équipe actuelle est composée de quatre chargés d’affaires juridiques, dont une personne pour la gestion de la cellule SOS de l’université, et une autre déléguée à la protection des données personnelles, ainsi que d’une assistante juridique. Le service assure également la coordination des instances des conseils de l’université (CA, CAC, CFVU, CR). Il a, par ailleurs, renforcé les relations entre les juristes travaillant dans différents services centraux en mettant en place un réseau de veilles juridiques.

Depuis février 2024, la direction des affaires juridiques s’intitule Direction des affaires juridiques et institutionnelles (DAJI). Ses missions vont au-delà du respect et de la validation de la conformité juridique des décisions prises par l’établissement. Son avis fournit des éléments de choix entre différentes stratégies d’évaluation des risques. Avec l’évolution des réglementations et leur complexification, son champ d’expertise est nécessaire à cette sécurisation. Cette direction est ainsi un interlocuteur et un conseiller permanent des équipes de gouvernance, des divers responsables de composantes, d’unités de recherche et de services de l’établissement.