Une vie étudiante réussie suppose une appropriation d’espaces spécifiques. Dans les campus, des projets de maisons des étudiants naissent, portés lors du mandat de Claude Oytana par Bruno Legeard, vice-président du CEVU, pour la partie vie étudiante, et par Jean-Claude Chevailler[1], vice-président du conseil d’administration, pour l’aspect architectural.
À la rentrée universitaire 1999, le campus des portes du Jura à Montbéliard dispose de sa maison des étudiants[2], vite appelée « la MéMO », du nom de l’association qui la gère. Le bâtiment, dessiné par Carlos Jullian de la Fuente, architecte du pôle universitaire, occupe 3 300 m2.

Il accueille une cafétéria, un restaurant universitaire de 600 couverts géré par le Crous Franche-Comté, un gymnase avec un mur d’escalade, une salle de musculation et une salle de danse avec parquet et miroirs. La structure est à la disposition des 600 étudiants de l’UFR STGI, des 400 étudiants de l’IUT et des 500 étudiants inscrits en BTS au lycée Viette et Grand-Chênois voisins. Une extension de 400 m2 est programmée pour héberger la médecine préventive, les associations d’étudiants, des espaces de services (photocopies) et une antenne du service commun d’information et d’orientation (SCUIO)[3].
À Besançon, une première maison des étudiants[4] expérimentale ouvre au centre-ville en janvier 2000. L’emplacement retenu est un bâtiment situé dans la cour du Parisiana à l’UFR SLHS, lors du mandat de Jean-Jacques Girardot, alors directeur de cette UFR. Il héberge des permanences du service d’information, d’orientation et d’insertion professionnelle (Michel Stimpfling), de la vie associative étudiante (Anne-Cécile Klur), du service social du Crous (Bernadette Louvet-Rueff, assistante sociale), de la médecine préventive et de la direction des relations internationales. Des bureaux et d’une salle d’informatique en libre accès sont réservés aux associations étudiantes dont l’ESN, l’Erasmus Student Network.
Sous le mandat de Françoise Bévalot, l’été 2003 marque le début des travaux de la future maison des étudiants de la Bouloie qui bénéficie, principalement, d’un financement de la région Franche-Comté et du plan U3M (université du 3e millénaire). En 2004, Françoise Coupat, enseignante en management du sport à l’UFR STAPS, est chargée de mission pour construire un réseau régional des maisons des étudiants, afin d’impulser un véritable service à l’étudiant. Situé avenue de l’Observatoire, le nouveau bâtiment conçu par l’architecte Christian Schouvey ouvre en septembre 2005.


Différentes hypothèses sont envisagées pour l’attribution de son rôle fonctionnel. La finalité retenue par la présidente est que ce lieu soit disponible pour tous les étudiants, en formation initiale et continue. Pour répondre à ce projet, des services auparavant dispersés entre le centre-ville et la Bouloie y emménagent : le service commun d’information et d’orientation et d’insertion professionnelle (SCUIO-IP), le service de la vie associative étudiante et le service de la formation continue. Cette maison des étudiants abrite des associations étudiantes qui peuvent s’y réunir et qui animent les lieux. C’est le cas de Radio campus, de l’association Projet Aurore pour la diffusion de la culture scientifique, du comité régional du sport universitaire (CRSU) ou encore de l’association des doctorants A’Doc. Le théâtre universitaire de Franche-Comté (TUFC), l’orchestre et la chorale universitaires disposent à présent de salles de répétition. De plus, à chaque rentrée universitaire, différents partenaires extérieurs (caisse d’allocations familiales, organismes de sécurité sociale et mutuelles étudiantes) assurent des permanences pour renseigner les étudiants, aux côtés des services universitaires comme les bibliothèques, les services des sports de loisirs et de compétition, la médecine préventive…
Au quotidien, le bureau de la vie étudiante est le service qui anime les lieux en mettant en place de nombreuses activités et manifestations (ateliers, expositions, concerts, débats). Dans cette dynamique, en 2015, les mercredis de la MDE invitent les étudiants à s’approprier les lieux avec des spectacles, jeux, actions de prévention et de sensibilisation et des moments de rencontres.

Cette même année, le 13 octobre, la maison des étudiants de la Bouloie fête son 10e anniversaire par une soirée festive.

Depuis la construction du bâtiment, la disposition des espaces et des services évolue afin de favoriser les échanges et l’organisation de manifestations culturelles et festives. Les étudiants peuvent, parallèlement à leur cursus, bâtir des projets personnels ou collectifs relatifs à la culture, au sport, aux loisirs, à la citoyenneté, à l’écologie, à la santé… Pour les aider à donner corps à leurs idées et à développer leurs projets, une quinzaine de lieux, intitulés Workorama[5], ont été rénovés et aménagés dans les campus, en collaboration avec le Crous de Besançon. Ces espaces sont ouverts à tous les étudiants pour expérimenter, partager et créer. À la maison des étudiants, leurs projets bénéficient également de l’accompagnement du bureau de la vie étudiante.
De 2005 à 2008, la coordination des activités des services et des associations hébergées à la maison de étudiants est initialement prise en charge Philippe Caussin, directeur de la formation et de la vie étudiante. De 2008 à 2012, cette mission est rattachée à la responsable administrative du SCUIO-IP, Jeanne Choulet. Après un intérim assuré par Laurence Boutin de novembre 2012 à août 2013, Claire Giboudeaux-Baume est nommée sur le poste de responsable administrative de la MDE, de 2013 à 2015. Ensuite, ce sont les responsables du BVE qui la gèrent : Damien Guilbaudeau (2015-2020), Lucas Barraux (2020-2021), Manon Minary (2021-2022), Élodie Belle (2022-2023) et, depuis 2023, Lætitia Ducret.