Les marchés publics revêtent une place importante dans les finances de l’université, avec une montée en puissance au fil des années. Déjà, en 1981, le président Jacques Robert cite les achats groupés comme un enjeu pour l’établissement. En avril 1995, la chambre régionale des comptes adresse au président Michel Woronoff une demande de mise en conformité des marchés publics. En effet, le ministère des Finances veille au plus près sur ces commandes. À titre d’exemple, en 2021, avec un volume de près de 100 milliards d’euros, les marchés publics occupent une place essentielle dans l’économie nationale (8 % du PIB). À l’échelle de l’université de Franche-Comté, le pourcentage est à peu près identique par rapport au budget global de fonctionnement. Les dépenses engendrées sont soumises à la réglementation sur la commande publique qui contraint les établissements publics à organiser des mises en concurrence pour une gestion optimale des deniers de l’état. L’objectif est d’obtenir des prix d’achat intéressants, des conditions de vente, des services de livraison, d’installation et de maintenance de qualité, mais aussi d’ouvrir les achats publics au plus grand nombre d’entreprises.
Dès 2001, puis en 2004, l’évolution du code des marchés publics contribue fortement à renforcer la structuration d’un seul et unique service pour l’ensemble de l’université. D’une part, il y est précisé que, pour une année civile considérée, les seuils d’achat s’apprécient en globalisant les dépenses de même nature et/ou relevant de la même opération, et cela pour l’université tout entière ou, à défaut, pour une commande très spécifique, au sein d’une même composante. D’autre part, l’acheteur ne peut se soustraire à cette obligation en scindant ses achats : il est interdit de fractionner la dépense publique. Cela signifie que les composantes, services et laboratoires ne peuvent désormais plus passer individuellement de commandes hors d’un marché, si le type d’achat en dépend. Dès lors, les prévisions d’achat doivent être anticipées et pensées collectivement, en fonction du marché de l’établissement.
À partir de 2005, Christophe de Casteljau, directeur du service financier, participe à la structuration d’un service des marchés[1], confié à Muriel Menget à partir de l’année 2007. Il veille à l’application de ce nouveau code des marchés publics, qui impose des procédures d’achat à respecter en fonction des différents seuils de dépenses estimées. C’est ainsi que l’université passe des contrats importants, en 2007, comme celui de la construction de la nouvelle chaufferie à bois et à gaz naturel de la Bouloie (2,5 millions d’euros) ou pour les achats annuels d’informatique, compris entre 3 et 4 millions d’euros.
En 2023, toujours rattaché à la direction des affaires financières, le service des marchés est constitué de sept « acheteurs », spécialisés par type de marchés (fournitures, recherche, travaux, fluides et assurances). Ils veillent au montage rigoureux des dossiers, au respect des principes de liberté d’accès à la commande publique, d’égalité de traitement des candidats et de transparence des procédures afin de garantir une véritable mise en concurrence, une traçabilité pendant la passation du marché et, en aval, la justification du choix du titulaire du marché.
Une commission d’appel d’offres (CAO) peut, pour certains marchés publics de l’université, précéder leur attribution, quel que soit leur objet (travaux, fournitures, services). Le résultat du vote est transmis au président de l’université qui, en tant que pouvoir adjudicateur, décide in fine de l’attribution du marché public. La chambre régionale des comptes contrôle avec constance la régularité des dépenses payées par l’université.
