Dans le contexte de concurrence accrue entre les universités européennes qui caractérise le XVIe siècle, le studium dolois ne peut espérer se maintenir et développer son recrutement qu’avec le soutien du pouvoir souverain, c’est-à-dire, depuis 1516, du pouvoir royal espagnol.
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Portrait de Philippe II d’Espagne, comte de Bourgogne. Musée des Beaux-Arts de Troyes, MAH-1915-001-002-CB-ap restau 2017.
À partir de 1541, cet accompagnement prend, tout d’abord, la forme d’une subvention directe afin « de faire venir et entretenir audict Dole » quelque docteur d’Italie, susceptible d’y attirer des étudiants par sa renommée. Les 400 francs consentis par le pouvoir royal, complétés par 300 autres fournis par la municipalité doloise, permettent de recruter Nicolas Belloni, puis, dix ans plus tard, Étienne Stratius et Charles Dumoulin, grand nom de l’humanisme juridique de la Renaissance. La subvention est plusieurs fois augmentée pour recruter d’autres ténors du droit comme, en 1566, Jérôme Olziniani ou, en 1570, Cynus de Pistoia. En 1571, le duc d’Albe, gouverneur des Pays-Bas pour le compte du roi d’Espagne, procède à un rehaussement général des gages des enseignants, en portant finalement la somme consacrée à cette dépense à 3 000 francs. Cette augmentation est cependant conditionnée à la tenue d’un état des lectures, permettant de contrôler la régularité des enseignements et, le cas échéant, de procéder à des retenues sur salaire.
L’autre stratégie employée par le pouvoir royal espagnol pour soutenir l’université de Dole est l’adoption de mesures de protectionnisme universitaire. Elles sont destinées à orienter vers le studium de la province la plupart des candidats comtois aux études supérieures. Le 8 mai 1570, l’ordonnance prise par Philippe II poursuit cet objectif. Elle fait interdiction aux Comtois de fréquenter toute université qui ne dépend pas de la couronne d’Espagne, à l’exception cependant de celle de Rome. Cette mesure vient compléter le dispositif d’une ordonnance prise par Charles Quint en 1531, relative à l’université de Dole, et qui dispose que « pour l’augmentacion d’icelle, […] les y graduez fussent quant aux honneurs, estatz, offices et bénéfices de nos pays de Bourgoingne, et conté de Charrolois dont ilz seront idoines et capables, preferez à ceulx qui seroient graduez ailleurs ».
Ce type de mesure n’est cependant pas spécifique au comté de Bourgogne, ni d’ailleurs à la monarchie espagnole. En effet, le champ universitaire européen tend, à partir du milieu du xvie siècle, à se fragmenter en espaces distincts, correspondant aux frontières des États modernes. Cette dynamique, renforcée par le morcellement confessionnel du continent, conduit au déclin des mobilités universitaires. Chaque établissement devient ainsi de plus en plus étroitement dépendant de son environnement régional. Dans ce contexte, il est difficile pour le studium dolois de croître, aussi bien faute d’étudiants que d’avenir professionnel à leur offrir. À la fin du xvie siècle, en Europe, seuls 1 à 2 % des jeunes hommes en âge de commencer des études universitaires le font effectivement. Si on applique ce ratio au comté de Bourgogne, ce sont 40 à 80 Comtois qui sont susceptibles de s’inscrire au studium dolois chaque année. Pour ce qui est des perspectives professionnelles, on peut compter quelques deux à trois cents emplois dignes d’intérêt pour un diplômé dans la province. Ainsi, à raison d’une trentaine d’années par carrière, cela représente seulement dix postes à pourvoir par an, environ. Dans ces conditions, la petitesse de l’université de Dole doit davantage être vue comme une adaptation aux caractéristiques de son environnement que comme un échec, compte tenu de la fragmentation étatique du champ universitaire d’alors.