L’année universitaire débute le samedi suivant la Saint-Martin, à la mi-novembre. La cérémonie d’ouverture commence par une harangue en latin du recteur, puis par la lecture des statuts de l’université et de la législation royale la concernant. Les cours ont lieu jusqu’au début septembre, pour la fête de Notre-Dame. Ils sont interrompus les dimanches et jours de fête, ainsi que lors de petites vacances. Elles ont lieu avant le Carême, à Pâques (des Rameaux au lundi de Quasimodo), puis quatre semaines de l’Ascension au lundi de la Fête-Dieu et enfin à l’Assomption. Les grandes vacances sont à l’automne, ce qui correspond au temps des dernières récoltes, notamment des vendanges. Ce calendrier, celui du parlement, est donc rythmé par les fêtes religieuses et agraires. Le programme des cours est imprimé et affiché avant la rentrée. Les jours ouvrés, sauf le jeudi, chaque professeur donne son cours en latin pendant une heure ; les étudiants prennent des notes qu’ils doivent présenter lors des examens.
Les étudiants ont l’obligation de s’inscrire quatre fois par an : en novembre, février, mai et août. En médecine, le premier niveau est la « maîtrise ès arts », appelée parfois « maîtrise de médecine », obtenue après deux ans de cours de culture générale et de médecine. C’est une situation propre à Besançon ; ailleurs, la maîtrise est en général délivrée par les collèges. La moitié des étudiants bisontins en médecine prépare en même temps maîtrise et baccalauréat, un tiers n’y consacre qu’un an. La maîtrise permet d’entrer dans l’enseignement supérieur et d’accéder au véritable cursus universitaire : baccalauréat, licence, doctorat. Pour chacun de ces diplômes, il faut passer les examens de fin de trimestre et terminer par la soutenance publique d’une thèse.
La législation prévoit deux ans d’études pour le baccalauréat, un an supplémentaire pour la licence, encore un an pour le doctorat. En fait, cette durée des études est extrêmement variable car il existe une multitude de dispenses d’âge et de temps d’étude. Pour la totalité du cursus, cela peut varier de cinq mois à 21 ans ; pour la licence, un tiers dépasse trois ans. Les étudiants suisses, qui ne paient que la moitié des droits, peuvent même obtenir leurs trois grades en un seul jour ! Après la licence, pour ceux qui passent leur doctorat, il peut s’écouler de quatre jours à 17 ans !
La pratique dite du « bénéfice d’âge » permet aux étudiants de choisir en réalité la durée de leur cursus, soit en le raccourcissant, soit en l’allongeant au prix d’un léger supplément. Ce « bénéfice d’âge » est, en théorie, réservé aux étudiants de plus de 24 ans, mais là aussi les règles sont largement transgressées.
Le baccalauréat est le premier véritable grade universitaire, il s’obtient après huit inscriptions trimestrielles ; il est source d’honneur, donne le titre de gradué, mais ne permet pas l’exercice d’un métier contrairement à la licence et au doctorat. L’âge moyen des inscrits au baccalauréat est de 18 ans, le plus jeune inscrit a quatorze ans, le plus âgé 73 ans. Pour la majorité des anciens, il s’agit d’un diplôme de complaisance, obtenu en quelques jours ou quelques mois. Les détenteurs d’un baccalauréat ne poursuivent pas tous en licence, puis en doctorat. En médecine, entre 1707 et 1789, on relève 251 étudiants obtenant le baccalauréat, 233 la licence et 165 le doctorat.
Le coût des études comporte des droits d’inscription chaque trimestre et des droits d’examen et de soutenance de thèse. En médecine, cela représente 514 livres pour un cursus complet jusqu’au doctorat, dont 367 livres pour la seule licence. En droit, c’est un peu moins : 293 livres pour la licence, dont 93 livres pour le seul baccalauréat, et 390 livres pour le doctorat. À ces droits, il faut ajouter les frais pour l’impression des thèses, l’achat de livres et les dépenses du quotidien. Devenir étudiant a donc un prix qui n’est pas accessible aux fils des classes populaires rurales ou citadines. Toutefois, cela reste beaucoup plus abordable qu’en d’autres lieux : à Paris, un cursus universitaire coûte alors de 5 000 à 6 000 livres !
