Lors du mandat suivant, Jean-François Robert, devenu président, poursuit la trajectoire qu’il a mise en route les années précédentes en qualité de vice-président du conseil scientifique de Jacques Robert. Ses vice-présidents pour le conseil scientifique sont Jean Bulabois, puis Bernard Millet, tous deux professeurs à l’UFR sciences et techniques. J.-F. Robert souhaite que les microtechniques, relevant des sciences pour l’ingénieur, puissent devenir l’un des fleurons de l’UFC. Il émet l’idée de développer une recherche autour des microtechniques. Avec Jean-Jacques Gagnepain, directeur du Laboratoire de physique et de métrologie des oscillateurs (LPMO), et Raymond Besson, directeur du laboratoire de Chronométrie, électronique et piézoélectricité (LCEP) à l’ENSMM, il travaille à la création de l’Institut des microtechniques qui voit le jour en 1989.
En 1991, à la fin du mandat de Jean-François Robert, le montant total des crédits consacrés à la recherche s’est élevé à 25 millions de francs : 14 millions de francs provenant du ministère de l’Éducation nationale et 11 millions de francs des contrats, soit une augmentation globale de 37 % par rapport à 1987. Le CNE[1], qui audite l’université en septembre 1993, souligne de manière extrêmement positive combien « l’université de Besançon est bien placée dans un milieu régional “sous-développé” et a su s’imposer sur le plan national par la qualité de ses équipes d’enseignants-chercheurs et par l’importance de leurs travaux »[2].
Michel Woronoff est élu le 6 février 1991, Bernard Millet réélu au conseil scientifique. Jean Bulabois lui succède en octobre 1994, puis Claude Oytana à partir du 20 mars 1995. Toujours dans son évaluation de septembre 1993[3], le CNE relève que « [l]a recherche est une des ambitions majeures de l’UFC, qui y consacre beaucoup de ses moyens et ses enseignants beaucoup de temps. Elle est souvent de très bon niveau, notamment en lettres et en sciences ». Lors du contrat 1991-1994, l’université compte 38 équipes d’accueil et 12 jeunes équipes. Le CNRS y dispose de deux laboratoires propres et est associé à quinze équipes ; l’INSERM a habilité une équipe. La direction de la recherche et des écoles doctorales (DRED) du ministère de l’Enseignement supérieur reconnaît, de son côté, 17 des équipes d’accueil.
La pluridisciplinarité présentée par l’université de Franche-Comté est en soi une richesse, mais aussi une contrainte importante. Le grand nombre d’équipes entraîne une dispersion des moyens et un manque de lisibilité. Les conseils scientifiques successifs entament de profondes réflexions, à l’issue desquelles les activités de recherche se réorganisent en sept secteurs : mathématiques physiques de base et astronomie ; microtechnique et sciences pour l’ingénieur ; ressources naturelles ; sciences de la vie et de la santé ; application des méthodes mathématiques statistiques informatiques aux sciences humaines ; étude des mentalités et des sociétés ; sciences du langage de l’éducation et de la communication. Ces équipes sont soutenues par onze programmes pluri-formations. Quatre services apportent aux équipes un soutien technique : documentation, informatique, microscopie électronique et spectrométrie, ainsi que quatre instituts.
La valorisation de la recherche est une préoccupation majeure de l’université, tant pour ses actions locales que pour son image nationale et internationale. Gérard Messin, maître de conférences à l’IUT Besançon-Vesoul, est chargé de la mission transfert et valorisation depuis le mandat de Jean-François Robert et la poursuit lors du mandat de Michel Woronoff.
