En 1984, l’UER EPS devient UFR STAPS, dirigée par Daniel Pernet, et compte désormais parmi les vingt UFR STAPS françaises. Cette intégration universitaire permet la reconnaissance des STAPS en tant que champ scientifique et le recrutement d’enseignants-chercheurs dans ce domaine. Cette même année, s’ouvre la maîtrise de STAPS. En 1991, le diplôme d’études approfondies (DEA) multi-sceaux[1], intitulé régulation du comportement et de l’environnement culturel dans les activités physiques, sportives complète l’offre de formation.
De 1992 à 1997, Yvette Demesmay devient la première femme directrice de cette composante. Le 17 décembre 1992, l’UFR STAPS entre dans ses nouveaux locaux[2], qui lui sont entièrement affectés. Situé au campus de la Bouloie, chemin de l’Épitaphe, le nouveau bâtiment, dont les lignes architecturales audacieuses évoquent la forme d’un bateau, est conçu par l’architecte dolois Christian Schouvey.

D’une surface totale de 1 609 m2, il abrite des salles de cours, un amphithéâtre de 120 places, une cafétéria pour les étudiants et des bureaux pour les services administratifs et pour les enseignants. Y sont attenants une petite halle sportive (ouverte en 1985 et gérée par le SUAPS), comprenant une salle de danse, et un hall de gymnastique équipé pour la boxe, le tennis de table et la gymnastique rythmique et sportive. Un cours de tennis et le stade complètent l’équipement. Côté recherche, toujours en 1992, se crée un laboratoire de sciences du sport à dominante science biologique, qui souhaite obtenir le label jeune équipe. Les étudiants peuvent désormais y effectuer un doctorat.
Jusqu’en 1994, les jeunes bacheliers voulant suivre des études en STAPS devaient réussir des épreuves sportives. Elles sont supprimées à la rentrée 1995 selon le principe du libre accès et de la non-sélection à l’enseignement supérieur. Les effectifs augmentent considérablement : de 400 en 1994, le nombre d’étudiants passe à 1 200 en 1998. Sous Claude Oytana, le 14 décembre 1998, les étudiants de STAPS manifestent et envahissent le conseil d’administration afin que ses membres prennent connaissance de leurs difficiles conditions d’études : ils réclament un amphithéâtre pouvant accueillir des promotions de 350 à 450 étudiants. Pour manifester leur mécontentement, ils déversent de la paille dans les trois étages du bâtiment provoquant, avec le risque d’incendie, l’arrêt immédiat du conseil.

La nécessité d’une diversification accrue des formations pour élargir encore les débouchés professionnels des inscrits s’impose[3]. En effet, seule une centaine d’entre eux se destinent à être enseignants et passent le certificat d’aptitude au professorat d’éducation physique et sportive[4] (CAPEPS). Entre 2004 et 2007, l’offre de formation des STAPS, comme celle des autres composantes de l’UFC, s’inscrit désormais dans le dispositif LMD (licence, master, doctorat). Éric Prédine, directeur depuis le 1er décembre 1997, travaille avec son équipe à l’ouverture du nouvel éventail de filières. En licence, les étudiants peuvent se former aux activités physiques adaptées à la santé (APAS), à l’éducation et à la motricité, à l’entraînement sportif, au management du sport. Une licence professionnelle ouvre sur le développement social et la médiation par le sport. Les masters proposent des spécialités sur le sport loisir et le développement territorial, ou le sport performance et APAS, ou encore le sport, le langage et l’intervention. Ce choix élargi permet un champ d’insertion professionnelle plus vaste, en réponse aux évolutions sociétales.
Le bâtiment de l’UFR STAPS, construit fin 1992 pour accueillir 400 étudiants, est saturé. Les enseignants doivent recourir à des amphithéâtres mis à disposition par d’autres composantes. Une grande halle sportive de 500 m2, ouverte la même année, héberge une salle de sports collectifs, une halle d’athlétisme, un mur d’escalade, deux salles de cours et deux vestiaires. S’y installe également son centre d’optimisation de la performance sportive (COPS), inauguré le 13 mai 2009, en partenariat avec l’association Sport performance bisontin[5]. Disposant de matériel issu de nouvelles technologies en vidéo et en appareils de test, le COPS est ouvert aux individus et aux structures (clubs, pôles, ligues) qui souhaitent effectuer des analyses de motricité à des fins de performance, de santé ou de formation.
En 2004, une deuxième tranche de construction concerne la création d’un second bâtiment annexe, abritant quelques salles de cours, des bureaux pour les enseignants-chercheurs et celui des informaticiens, ainsi qu’une salle informatique en accès libre. En 2005, s’ouvre dans le sous-sol du gymnase l’espace forme et musculation, géré par le SUAPS[6].
Depuis 2004, grâce à l’engagement d’une équipe d’enseignants-chercheurs motivés[7], l’UFR STAPS investit dans l’outil vidéo. De nouvelles et nombreuses potentialités s’offrent, tant pour la recherche que pour l’apprentissage (licence et master). La vidéo constitue pour certains étudiants un outil marketing qui leur apprend à valoriser un produit sportif ou permet à d’autres de décrypter la mobilité et l’analyse de performance. Une subvention permet d’équiper trois salles, dont un studio d’enregistrement. En 2008, Cédric Breton, recruté comme responsable de cette cellule vidéo, fournit un accompagnement professionnel. L’expertise de cette équipe étoffée fait référence auprès des autres composantes de l’université et des partenaires extérieurs.
De 2002 à 2006, une seconde femme, Jacqueline Callier, est élue directrice de cette composante ; puis Éric Prédine revient à sa tête jusqu’en 2014.