Dans la Besançon médiévale, où l’on ne bénéficie pas de l’enseignement universitaire, la théologie est étudiée auprès d’écolâtres dans les chapitres de la ville : Saint-Jean, Saint-Étienne et Sainte-Madeleine, et dans les couvents et abbayes au bénéfice des religieux. Malgré la création d’un cours de théologie au collège Granvelle en 1549 et d’une chaire de théologie au chapitre métropolitain en 1571 dans la foulée du concile de Trente, l’enseignement de cette discipline n’est pas à la hauteur de la réputation d’une ville archiépiscopale. Les initiatives particulières s’étant ainsi multipliées, on ne compte pas moins de quatre grands lieux d’enseignement de la théologie à Besançon avant la translation de l’université en 1691 : le grand séminaire, le collège des jésuites, le collège Granvelle tenu par les oratoriens et le chapitre métropolitain où professe le chanoine théologal.
L’arrivée de l’université à Besançon et la création de la faculté de théologie permettent l’octroi des diplômes in situ et, surtout, apportent une nouvelle offre[1]. En effet, la théologie enseignée par le séminaire l’est dans une perspective pastorale et pratique, à la manière d’un noviciat ; le théologal de la cathédrale l’aborde “à l’ancienne”, sous forme de thèses publiques explicitant l’Écriture sainte ; quant aux religieux oratoriens et jésuites, chacun a sa propre vision ecclésiologique : plutôt janséniste pour les premiers, fidèle à la doctrine romaine pour les seconds. Dans le contexte politique et religieux de la fin du XVIIIe siècle marqué par le gallicanisme, les enseignants de la faculté de théologie de Besançon se veulent assez hostiles à la Déclaration des Quatre articles adoptée par l’assemblée extraordinaire du clergé de France en 1682. Il faut dire que, très vite, et surtout au XVIIIe siècle, le professorat se recrute dans les rangs du clergé local, formé initialement au grand séminaire de Besançon connu pour son ultramontanisme. L’ouverture d’esprit des formateurs du grand séminaire explique celle des professeurs qui ont constitué le corps enseignant de la faculté de théologie de Besançon2.
Les deux derniers professeurs de théologie de l’université de Dole poursuivent leur enseignement à Besançon, et seulement six autres leur succèdent durant le reste de la période. Symbole de l’indépendance intellectuelle de l’institution publique, l’abbé Jean-Baptiste Bullet (1699-1775), titulaire de la chaire de théologie de 1728 à 1775, est représentatif du renouvellement de cette science au sein de l’université de Besançon. Le dernier, l’abbé Mathieu-Joseph Jacques (1736-1821), nommé en 1776, est destitué en 1791 après quinze ans d’enseignement, pour avoir refusé de prêter le serment civique.
La suppression de la faculté de théologie de Besançon, actée dans l’année universitaire 1791-1792, précède de peu la dissolution de l’Université en 1793.
