Dans les années 1990, l’UFR des lettres et sciences humaines, qui continue à se nommer « la fac de lettres de Besançon », est la plus importante de l’université de Franche-Comté. Elle est même l’une des plus importantes, quant à ses effectifs, au niveau national. Elle est aussi une UFR remuante. L’occupation du bâtiment désaffecté de la rue Goudimel pendant un mois, de mi-novembre à mi-décembre 1990, menée par le directeur Jean-Philippe Massonie, marque les esprits[1]. En avril 1995, face à l’impossibilité de payer les heures complémentaires, le même Massonie, secondé par son conseil de gestion, suspend tous les cours jusqu’à la fin de l’année[2]. Du côté de la présidence et aussi du ministère, elle est réputée ingérable. Dans ce contexte, naît l’idée d’une scission en quatre UFR : lettres, langues, sciences humaines et psychologie[3]. En février 1996, le président Woronoff termine son mandat. En dressant le bilan, il estime avoir échoué dans sa relation avec l’UFR dont il est issu : « L’explication tient à la structure. Une entité de 7 000 étudiants a une tendance à l’autonomie. Elle est en sécession de fait »[4].
Claude Oytana, qui lui succède, pense qu’il faudrait douze, voire quinze UFR sur l’ensemble de l’université. D’autres composantes, notamment sciences et techniques (mais dont il n’est plus question ensuite) pourraient aussi être concernées. En juillet 1996, le conseil d’administration de l’université décide d’une commission pour réfléchir à la question. Dans ses conclusions, celle-ci indique que la subdivision des UFR n’est qu’« une base qui doit être complétée par une répartition des responsabilités et la mise en place de mécanismes de gestion pour permettre de tenir compte des priorités que s’est fixée l’université »[5].
En octobre 1996, quatre « départements », prémisses des potentielles UFR, sont créés : sciences de l’homme et de la société (2 000 étudiants) ; psychologie (1 300 étudiants) ; langues vivantes (1 900 étudiants) ; lettres classiques, lettres modernes et sciences du langage (1 800 étudiants). Le doyen Massonie déclare qu’il a dû « faire ça au sabre. […] Quant au partage des locaux, ça sera la Bosnie-Herzégovine ! Il faudra des casques bleus pour calmer le jeu »[6]. Lorsqu’il prend sa retraite en mars 1997, il fait circuler plusieurs textes parodiques dans lesquels il évoque notamment « le démembrement prévu du royaume de Lettres »[7].
La tâche de scinder l’UFR en plusieurs entités échoit à son successeur, Jean-Jacques Girardot. Il annonce : « Je ne veux pas qu’elle se fasse en petit comité. Je vais relancer une réflexion sur ce thème pour qu’un maximum de personnes puisse être associé »[8]. En novembre, le journal interne tout l’U indique que chaque département dispose de son propre service de scolarité, de son responsable administratif et d’une autonomie financière[9]. Cependant, en octobre 1998, le doyen doit reconnaître que « La procédure est compliquée. Il faut l’aval du conseil d’administration de l’université, puis du ministère, mais le projet se fera à la rentrée 2000 si tout va bien »[10].
En février 2001, Françoise Bévalot devient présidente de l’UFC. Jean-Jacques Girardot est vice-président du conseil d’administration et doit quitter la direction de l’UFR car les deux fonctions sont incompatibles. Claude Condé lui succède. En avril, il affirme : « J’ai été élu avec cette mission [scinder l’UFR] et je compte convaincre le conseil d’administration du bien-fondé de ce projet »[11]. Pourtant, l’impulsion initiale est venue de la présidence de l’université. Il se donne décembre 2001 comme échéance, mais rien ne se passe. La question n’est pas à l’ordre du jour. Les quatre grands départements perdurent encore quelques années puis sont dissous, la baisse des effectifs[12] les justifiant moins.
Les collegiums[13], créés en 2017, là aussi après une forte mobilisation de la faculté des lettres pour le maintien de ses formations, ont réduit la marge de manœuvre des conseils de gestion et des directions d’UFR, ce que l’on peut voir comme la réalisation de l’objectif formulé vingt ans plus tôt. En revanche, ils n’ont pas diminué la culture de défiance à l’égard du pouvoir central profondément ancrée à la « faculté des lettres ».
