À la suite de la loi d’orientation de 1989, les instituts universitaires de formation des maîtres (IUFM) se mettent en place en 1991, sous la tutelle directe du ministre de l’Éducation nationale. Au nombre de trente et un en France, ils remplacent les écoles normales (EN) d’instituteurs et d’institutrices, qui formaient les enseignants du premier degré, les centres pédagogiques régionaux (CPR), pour ceux du second degré, et les écoles normales nationales d’apprentissage (ENNA) destinées à certains professeurs de l’enseignement technique. Ces IUFM héritent souvent des locaux départementaux occupés par les anciennes écoles normales. Des postes d’enseignants y sont créés par concours, pourvus par des enseignants majoritairement issus des écoles normales, auxquelles s’ajoutent de nouveaux enseignants-chercheurs.
En application de la loi d’orientation et de programme pour l’avenir de l’école (loi Fillon du 23 avril 2005), ces IUFM sont appelés à devenir des écoles internes, intégrées aux universités, ce qui leur octroie une liberté relative. Le 1er janvier 2008, l’IUFM de Franche-Comté intègre officiellement l’université par un vote à l’unanimité des conseils d’administration des deux structures et du Conseil national de l’enseignement supérieur et de la recherche (CNESER).
Les missions de l’IUFM couvrent l’ensemble des champs de l’éducation. L’institut forme les professeurs des écoles, les professeurs de collèges et de lycées généraux, technologiques ou professionnels, ainsi que les conseillers principaux d’éducation. En plus de la préparation aux concours, il assure la formation professionnelle pendant l’année de stage qui suit l’obtention du concours et propose une offre de formation continue pour les enseignants en poste. Il apporte aux personnels concernés les connaissances nécessaires à la prise en charge du handicap dans l’enseignement spécialisé. À ces missions s’ajoute l’éducation aux technologies de l’information et de la communication pour l’enseignement (TICE), la gestion d’une importante documentation rassemblée au sein de la médiathèque (aujourd’hui la bibliothèque universitaire éducation, intégrée au service commun de documentation – SCD – de l’université), des activités de recherche, des manifestations culturelles et des relations internationales. Cette intégration devrait offrir aux étudiants plus de continuité entre les cursus universitaires et la préparation des concours de l’enseignement.
En Franche-Comté, un comité de pilotage comportant des membres de l’université et de l’IUFM se crée pour faire avancer le projet d’intégration. Des commissions spécifiques permettent de régler certaines questions précises : formation des maîtres, formation permanente, devenir des personnels, les documentalistes, nouvelles technologies de l’information et de la communication (NTIC), recherche. Simultanément, fin 2007, un colloque, ouvert à tous, permet d’entamer les discussions.
En 2008, le siège de l’IUFM se situe à Besançon, au fort Griffon, propriété du département du Doubs.

Quatre autres centres sont répartis en Franche-Comté : Vesoul, Lons-le-Saunier, Belfort et Besançon (site de Montjoux). Leurs locaux relèvent, eux aussi, de centres qui appartiennent aux conseils généraux. Certains d’entre eux bénéficient d’équipements spécifiques. Par exemple, celui de Lons-le-Saunier dispose d’une piscine, fréquentée par les écoles de la ville, et d’une médiathèque, partagée avec le centre départemental de documentation pédagogique (CRDP). Parmi ses homologues français, l’IUFM de Franche-Comté se distingue par son engagement pour la culture : il est le premier à s’être doté de salles d’exposition indépendantes, comme le Gymnase à Besançon, la salle Marc Bloch à Belfort, l’Auditorium à Lons-le-Saunier et le Laboratoire à Vesoul. Chacune accueille plusieurs expositions annuelles autour desquelles un travail pédagogique est réalisé.
La question des formations est l’enjeu central de l’intégration des IUFM aux universités. Désormais, la formation au métier de professeur pourra commencer progressivement en licence, dans le cadre de stages par exemple et de modules de préprofessionnalisation (en 3e année). L’action de l’IUFM s’inscrit dans les cursus européens. Déjà, le Haut conseil de l’éducation recommande d’initier les maîtres à l’exploitation et à la transcription des résultats des recherches, en sciences de l’éducation notamment, dans leur exercice quotidien du métier. En mai 2008, Nicolas Sarkozy annonce que les concours de l’enseignement seront accessibles avec un master (bac + 5). L’ancienne seconde année d’IUFM (à laquelle n’accédaient que les lauréats du concours) est ainsi remplacée par des masters d’enseignement. La première année se termine par les concours d’enseignants et d’éducateur, et l’année de M2 est ouverte conjointement aux lauréats du concours (devenus fonctionnaires stagiaires) et aux étudiants ayant échoué au concours mais finissant leur M2.
Les IUFM proposent alors des formations diplômantes de niveau master (bac +4 et bac +5) permettant l’accès aux concours de l’enseignement. Le 8 juillet 2013, la loi d’orientation et de programmation pour la refondation de l’école de la République supprime les IUFM dans les académies et crée les écoles supérieures du professorat et de l’éducation (ESPÉ). Ce sont des composantes des universités, qui ont pour mission la formation initiale et continue des enseignants. Le siège de l’ESPÉ à Besançon quitte le fort Griffon pour se recentrer désormais sur un seul site bisontin réhabilité, celui de Montjoux.

La loi du 4 juillet 2019 « Pour une école de la confiance »[1] transforme les ESPÉ en INSPÉ (instituts nationaux supérieurs du professorat et de l’éducation) au 1er septembre 2019. L’INSPÉ propose un master métiers de l’enseignement, de l’éducation et de la formation (MEEF), décliné en quatre mentions : master MEEF 1er degré professeur des écoles (PE) ; master MEEF 2nd degré, parcours disciplinaires et professeur documentaliste ; master MEEF encadrement éducatif, parcours conseiller principal d’éducation ; et le master pratiques et ingénierie de la formation, parcours recherche en éducation et parcours publics à besoins spécifiques.

Intitulé « Former l’enseignant du XXIe siècle[2] », le référentiel des futurs professeurs des premier et second degrés et CPE définit le contenu de la formation délivrée au sein des Inspé et précise les objectifs et axes de formation, les compétences travaillées, le niveau de maîtrise des attendus en fin de master MEEF. En M1, les étudiants ont trois stages d’observation et de pratique, pour une durée cumulée de six semaines. L’année de M2 est aussi l’année des stages en responsabilité ou en pratique accompagnée un jour par semaine (pour les professeurs des écoles), ou six heures par semaine (pour les enseignants du secondaire). Les étudiants sont donc à l’année dans une classe ou dans un établissement et ont la responsabilité d’une ou plusieurs classes (ils sont alors contractuels de l’Éducation nationale, rémunérés comme tels) ou sont en observation d’un tuteur ou maître d’accueil (ils sont alors en « pratique accompagnée » et gratifiés annuellement par l’Éducation nationale). Les 800 heures de formation, hors stage, sont réparties sur les deux années du master.

Les parcours sont renforcés autour des savoirs fondamentaux et un continuum de formation se développe, entre la préprofessionnalisation en L3, et les années post-master : formation des fonctionnaires stagiaires et des enseignants néotitulaires. Ainsi, en amont, pour certains parcours une préprofessionnalisation est proposée aux étudiants de licence avec possibilité de réaliser des stages en établissement scolaire, pour une découverte concrète du métier. Après la titularisation, des dispositifs de formation sont mis en place durant les trois premières années d’exercice. L’interaction entre la formation théorique et l’exercice en responsabilité par les fonctionnaires stagiaires se renforce.

En 2023, l’INSPÉ de Franche-Comté est toujours présent dans les quatre départements du Doubs, du Jura, de la Haute-Saône et du Territoire de Belfort. Coordonné par l’université de Franche-Comté et le rectorat de l’académie de Besançon, il est l’interlocuteur unique des partenaires académiques : rectorat, DSDEN, écoles et établissements publics locaux d’enseignement avec lesquels des conventions sont passées, en particulier dans le cadre des cordées de la réussite. Ainsi, en 2022-2023, 918 étudiants sont formés par 62 enseignants-chercheurs et enseignants du secondaire et du primaire, et accompagnés par 44 personnels administratifs, techniques et de bibliothèques. Une démarche qualité permet d’évaluer son action.
L’INSPÉ incarne aujourd’hui toute la valeur ajoutée de la contribution de l’université à la formation des enseignants et éducateurs. L’INSPÉ, grâce à sa fédération de recherche en éducation (FR-EDUC), contribue à la structuration de la recherche en éducation à l’université et assure ainsi un lien formation recherche puissant permettant de former des professionnels réfléchis, initiés à la démarche de la recherche et placés dans une dynamique d’innovation pédagogique. Dans cet objectif, l’INSPÉ a été pionnière à l’université en se dotant d’une classe laboratoire,[3] en partenariat avec le SUP-FC, inaugurée le 28 septembre 2016.

Cette plateforme de 117 m2 se compose d’une salle de classe d’une capacité de trente étudiants ou élèves, d’une régie d’observation et de contrôle, et d’une petite salle de collaboration pouvant accueillir huit personnes. Les salles, dotées de sièges tablettes et de tables mobiles, sont également équipées de caméras reliées à une régie audiovisuelle afin de récupérer des vidéos et traces numériques d’activités d’enseignement et d’apprentissage. Pour expérimenter des technologies émergentes en éducation, enseignants et étudiants ont à leur disposition un éventail de ressources : un robot de télé-présence mobile, des tablettes, une table et un écran tactiles. Cet espace permet de tester et de développer différents modes d’apprentissage (du-et-par le projet, par résolution de problèmes, coopératif) pouvant donner lieu à des productions numériques (mindmaps, framapad, screencasts, podcasts). Il est utilisé dans le cadre de projets de recherche portés notamment par la FR-ÉDUC, mais il contribue également à la formation continue des enseignants de la maternelle au supérieur.

Les directeurs : Jean-Claude Fontaine, François Villien (2001), Daniel Van Labeck (2006), Pierre Statius (2009), Éric Prédine (administrateur provisoire : 2013, puis directeur : 2014), Catherine Caille-Cattin (administratrice provisoire : 2016, puis directrice : 2016), Sylvain Roussey (administrateur provisoire : 2019) et Frédéric Muyard depuis 2020.