La turbulence de ce contingent d’étudiants masculin, un peu déraciné, à l’emportement rapide pour peu qu’il fréquente des milieux « noiseux » portés sur la boisson, doit être relativisée1. Mais les échevins se prémunissent cependant contre cette notoriété potentielle en interdisant le port d’armes, la pratique du jeu, voire la déambulation nocturne.
Le premier cas de violence concerne des étudiants flamands. En 1424, ils sont gravement agressés par des Dolois qui, arrêtés, sont conduits sous escorte à Salins auprès du bailli2. Même s’il n’y a pas à Dole de « massacre de la sainte Scholastique », l’affaire de l’étudiant dolois Jean Boyvenet, en 1429, dégénère à tel point que le bailli lui-même est malmené. Cette enquête suggestive illustre l’application du for ecclésiastique quand les franchises urbaines sont mises en cause3. En 1469, un procès venu au bailliage révèle qu’une rixe survient de nuit en l’hôtel de Cîteaux – tenu par Jean Coulon et loué désormais à des fins hôtelières. Cet autre litige qui met aux prises des « escoliers » et deux Dolois, le tanneur Vuillemin Finot et Gérard Moguier, sanctionne ces derniers par une amende de quatre livres au bailliage4.
Entre 1471 et 1473, l’affaire Cornille le Roy est une source d’information sur la façon dont huit étudiants se retrouvent pour étudier et sur leurs fréquentations, qui impliquent des milieux non universitaires. En dépit d’un décès, et malgré la fuite des coupables quittant Dole et « l’estude ou davanz ilz [les étudiants] n’osoient retourner », elle nous montre comment le duc, en dernier ressort et au regard de l’exposé des faits, peut faire preuve de clémence à l’égard des étudiants en octroyant une lettre de rémission5.
D’autres rixes surgissent, qui mettent en jeu les relations entre Dole et Auxonne. Depuis le XIVe siècle, les deux villes ont conclu des accords étroits, favorables à leur population quant à la fréquentation des foires. En 1442, lors des foires d’Auxonne, une bagarre éclate entre les habitants et les étudiants de l’université qui y déambulent. Les sergents d’Auxonne interviennent fermement et le prévôt de Dole est mis en prison. En 1446, pour mettre fin au conflit, le bailli de Dijon engage un arrêt contre le recteur. Une autre affaire, entre les paysans de Chevigny et les habitants d’Auxonne à propos du bois des Crochères, provoque l’internement du prévôt de Dole. Ce dernier revendique sa fonction de suppôt de l’université pour faire jouer la justice en sa faveur et le parlement condamne la ville d’Auxonne6.
S’il y a bien turbulence, le prince, par ses cours de justice, le bailliage et le Parlement, l’université elle-même, par le biais du tribunal de l’officialité (affaire de 1446 à Auxonne), la ville de même, veillent sur l’université, sur les limites de ses droits, cherchant à contrôler cette jeune population.