Dans les années 1970, les professeurs Pierre Agache et René Laurent s’intéressent aux papillomavirus (HPV) responsables de lésions cutanées bénignes, comme les verrues, ou à risque de cancers cutanés comme l’épidermodysplasie verruciforme. Grâce aux techniques de microscopie électronique réalisées par Sylviane Coumes-Marquet, les deux dermatologues scrutent minutieusement les anomalies cellulaires induites par l’infection virale et visualisent la manière dont les virus sont disposés dans les cellules. Vingt ans plus tard et forte d’une expertise en hybridation in situ[1], Christiane Mougin utilise son savoir-faire pour identifier l’ADN des HPV dans des lésions de l’anus et du pénis. Très rapidement, Jean-Patrick Schaal, gynécologue-obstétricien, puis Didier Riethmuller, quelques années plus tard, attachent une attention toute particulière aux HPV dans le cadre du dépistage du cancer du col de l’utérus et de la prise en charge des lésions précancéreuses. En 1996, sous l’impulsion de Michel Lab, directeur du laboratoire de virologie, et d’Estelle Seillès, spécialiste d’immunologie, Christiane Mougin crée et prend la direction d’une jeune équipe intitulée Papillomavirus humains et immunité afin de travailler sur les HPV. Ces biologistes et cliniciens, parmi lesquels François Aubin, dermatologue, développent des travaux en rapport avec la pathologie HPV qui font la notoriété de cette équipe en France et à l’étranger. À mi-parcours, pour le contrat 2000-2003, cette jeune équipe prend le statut d’équipe d’accueil HPV et immunité.
Lors du renouvellement du quadriennal 2004-2007, l’équipe, renommée Carcinogenèse épithéliale : marqueurs prédictifs et pronostiques, voit ses thèmes de recherche en cancérologie s’élargir. À partir de cancers HPV induits et non-HPV induits (dont les cancers de la vessie), elle a pour principal objectif d’identifier de nouveaux marqueurs diagnostiques et pronostiques, de comprendre leur régulation au niveau moléculaire pour proposer des traitements anticancéreux ciblés innovants. Ces travaux permettent aussi de modifier les stratégies de dépistage du cancer du col de l’utérus et l’inscription du test HPV à la nomenclature des actes de biologie médicale (Nabm), faisant suite aux études micro et macro-économiques réalisées par Christiane Mougin. Au contrat suivant (2008-2011), l’équipe s’enrichit de méthodologistes et d’épidémiologistes et continue à développer une activité de recherche centrée sur la carcinogenèse épithéliale en développant une recherche biologique fondamentale et une recherche clinique et épidémiologique. Dans ce contrat, les études EDiTH permettent de décrire l’épidémiologie moléculaire des HPV en France, information essentielle pour évaluer l’efficacité théorique de la vaccination contre ces virus. En mars 2011, l’équipe obtient une note globale A, avec A+ pour la qualité et la production scientifiques de ses travaux lors de l’évaluation AERES.
Depuis 2012, l’équipe associée est partenaire du LabEx LIPSTIC, lauréat d’un projet d’investissement d’avenir (PIA). Dans l’un de ses axes, qui porte sur les nouveaux traitements anti-cancéreux et anti-inflammatoires et la mise en évidence des biomarqueurs de pathologies tumorales et inflammatoires, l’équipe Carcinogenèse épithéliale y développe une technique novatrice[2]. Après 2017, l’équipe de recherche recentre sa thématique sur les cancers associés aux HPV, choix en adéquation avec la nomination, cette même année, du Centre national de référence papillomavirus à Besançon. Pour mener à bien ces différents objectifs, elle bénéficie d’un environnement favorable (CHU et UFR Santé) et de plateformes technologiques et cliniques/épidémiologiques (Plateforme de Qualité de Vie, CIC-BT, registre des tumeurs du Doubs et du Territoire de Belfort). En 2024, avec le nouveau contrat d’établissement, les enseignants-chercheurs de l’équipe Carcinogenèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques ont rejoint respectivement les unités de recherche Chrono-environnement et SINERGIES, afin de potentialiser leurs travaux de recherches et leurs expertises.
