Dans le Nord Franche-Comté, les prémices de la recherche universitaire débutent en 1973. À cette date, le Laboratoire d’optique de Besançon (LOBe), unité mixte CNRS, crée à Belfort une équipe délocalisée, spécialisée dans l’analyse optique en mécanique des fluides et placée sous la direction de deux chercheurs précurseurs, Raymond Porcar et Jean-Pierre Prenel[1].


À l’époque, les IUT n’ont pas encore vocation à la recherche, effectuée dans les laboratoires des facultés ; les deux chercheurs bénéficient toutefois du soutien du CNRS et de l’université qui financent une enveloppe de trois mille francs par an. Grâce à leur initiative, une commission spécifique « recherche dans les IUT excentrés » est d’ailleurs créée au sein du ministère. Cités comme exemples, R. Porcar et J.-P. Prenel sont encouragés à poursuivre. De son côté, dès 1979, Jean-Marie Kauffmann crée une équipe délocalisée du Groupe de recherche en électrotechnique et électronique (Green) de Nancy, également unité mixte CNRS. Des avancées successives entre 1973 et 1984, anticipant de manière innovante sur des évolutions nationales généralisées ultérieurement, font que les dossiers belfortains sont toujours remarqués en haut lieu.
De nombreuses étapes sont ensuite franchies : 1983 est marquée par la première structuration en Groupe de recherche en génie thermique (GRGT) qui associe les deux composantes belfortaines ; 1984 voit la création de l’antenne universitaire de second cycle, dirigée par Gabriel Hostache ; 1988, celle de l’Institut de génie énergétique (IGE). En 1988 également, décision est prise de conforter le recrutement de doctorants avec la demande d’habilitation d’un troisième cycle sur les techniques d’analyse et d’optimisation en énergétique (TAOE). Dès lors, l’équipe de l’IGE s’allie les solides cotutelles de l’université de Haute-Alsace et de l’Institut franco-allemand de Saint Louis (ISL), partenaire des opticiens belfortains depuis 1973. Grâce à divers soutiens scientifiques, dont celui de la direction générale de l’armement (DGA), ce dossier complexe est finalement accepté. Cette même année se signale par l’implantation tant attendue de l’IGE dans le parc technologique de Belfort, après une longue dispersion sur différents sites. Le terrain est proposé par le conseil général du Territoire de Belfort et le dossier bénéficie des financements de la région Franche-Comté et du Fonds européen de développement régional (FEDER). La situation reste cependant précaire[2].
Ces avancées successives sont marquées par les reconnaissances officielles des labellisations : « laboratoire recommandé », puis « jeune équipe CNRS » pour le GRGT, et, en 1989, UPRES (unité propre de l’enseignement supérieur) pour l’IGE. Ce dernier est initialement dirigé par J.-P. Prenel, puis par J.-M. Kauffmann, de 1996 à 1999. En 1996, à l’initiative de J.-P. Prenel, l’Institut des microtechniques de Franche-Comté crée également à Belfort une équipe « métrologie thermique » et, parallèlement, le Laboratoire de métrologie des oscillateurs de Besançon (LPMO – UPR CNRS) installe, sur le site de Montbéliard, une activité de microscopie en champ proche, confiée à Jean Claude Labrune.
La consécration arrive en 2000, quand se crée le Laboratoire électrotechnique et électronique des systèmes (L2ES), unité mixte de l’Institut national de recherche sur les transports et leur sécurité (INRETS), mais aussi que l’IGE se transforme en Centre de recherche sur les écoulements, les surfaces et les transferts (CREST), unité mixte CNRS, en cotutelle avec l’UFC et l’UTBM, fusionnant les activités de Belfort et Montbéliard.

Enfin, l’année 2004 est celle de l’intégration finale du CREST dans l’Institut FEMTO-ST (Franche-Comté électronique mécanique thermique et optique), sous les quatre tutelles du CNRS, de l’UFC, de l’ENSMM et de l’UTBM.