À l’issue de l’application de la loi Faure, les équipes et la programmation de la recherche doivent se structurer. Lors de la séance du 14 janvier 1976, pendant le mandat de Pierre Lévêque, le conseil scientifique adopte à l’unanimité différentes résolutions qui posent les prémices des axes stratégiques des mandats suivants[1].
Il cite tout d’abord « la nécessité de mettre en place une programmation, par grands secteurs, dégageant des orientations cohérentes et articulées, et montrant par secteur les liaisons à l’intérieur d’une UER ou de l’université ou avec d’autres centres de recherches français ou étrangers ». L’objectif est de construire un organigramme par grandes disciplines. Le conseil scientifique insiste sur la nécessité de concentrer les crédits sur le programme défini afin d’éviter le saupoudrage. Il évoque également la nécessité de demander des crédits ou des associations au CNRS, partout où ce sera possible.
Pierre Lévêque insiste sur la nécessité d’encourager les équipes prometteuses en les dotant de crédits spécifiques[2] sur un programme défini et durant un laps de temps court. À la fin de cette aide financière, les équipes seront amenées à présenter un rapport-bilan. L’évaluation des équipes devient ensuite un passage incontournable. Des rapports doivent permettre au conseil scientifique de suivre les travaux de recherche et sont exigés pour toute demande de nouveaux crédits. Concernant les moyens, l’objectif est de les optimiser pour mieux répondre aux besoins des équipes, en s’appuyant sur le recensement du matériel existant et sur la possibilité d’une mutualisation des compétences du personnel technique.
Enfin, le conseil scientifique évoque un autre objectif bien actuel : « On tentera un vaste politique d’information sur nos recherches dans le cadre régional ». L’information sur la recherche doit s’effectuer sous différentes formes, tout d’abord auprès des étudiants et au sein des formations. Elle s’appuie également sur des articles dans la presse, que ce soit à usage interne, avec le bulletin d’information, le Bire, ou externe, avec les journaux régionaux. Un annuaire scientifique de l’université, édité tous les deux ans, rassemble les bilans résumés des activités de recherche.
Dans sa déclaration de candidature à la présidence de l’université[3], Jacques Robert confirme les axes stratégiques de développement de la recherche, élaborés lors du précédent mandat.
Tout en respectant le droit de chacun à une recherche individuelle lorsqu’elle est productive, il s’agit d’éviter une trop grande multiplicité des équipes de recherche, un éparpillement des sujets de recherche et une répartition automatique des crédits, sans évaluation des résultats obtenus et sans examen des programmes. Il faut faire en sorte que toute équipe de recherche qui travaille efficacement obtienne des moyens proportionnels au niveau de ses activités.
Dans cet objectif, une sectorisation de la recherche, s’appuyant sur les principales orientations existantes à l’université, est effectuée. Chacun des secteurs définis se dote de son propre conseil scientifique, dont la mission est de favoriser la mise en œuvre de projets de recherche, collectifs et pluridisciplinaires, en s’efforçant d’identifier l’originalité de thématiques bisontines fortes par rapport à celles des universités voisines.
L’un des buts à atteindre dans chaque secteur est d’obtenir le maximum d’associations avec le CNRS ou l’INSERM. D’après une étude, la position de Besançon, sur ce sujet, a fait d’énormes progrès au cours des cinq dernières années, mais reste assez inégale selon les secteurs. […] L’université de Besançon est remarquablement placée dans les sciences pour l’ingénieur, très bien placée en mathématiques et physiques de base ou en sciences humaines (partie humanités)[4].
Par ailleurs, J. Robert précise que « l’équipe présidentielle, avec l’aide des coordonnateurs, devra être attentive à toutes les idées novatrices et inciter à leur mise en évidence et à leur développement ». Il confirme également l’intérêt de publier régulièrement dans le Bire une rubrique consacrée aux activités de recherche. Son vice-président recherche, Jean-François Robert, et le conseil scientifique travaillent à l’application de ce programme.
Les 29 et 30 octobre 1981, l’université de Besançon accueille les Assises régionales de la recherche à la faculté des sciences[5]. Tout au long des débats, un très large consensus se dégage pour reconnaître que l’opposition entre recherche fondamentale et recherche appliquée semble désormais dépassée et que toutes les deux, sont en réalité, étroitement imbriquées. Le nécessaire rapprochement de la recherche universitaire avec le monde industriel est souligné, ainsi que la notion de « transfert de technologie », sachant que « la recherche et la technologie constituent un investissement indispensable, mais un investissement à long terme ». Ces journées indiquent, par ailleurs, que la place de la recherche en sciences humaines et sociales doit être développée.
À l’occasion du colloque national sur la recherche et la technologie, qui se tient à Paris du 13 au 16 janvier 1982, l’université ouvre ses laboratoires de recherche au public, participant ainsi à la journée Portes ouvertes nationale. À cette date, la recherche est alors structurée en huit grands secteurs. La crainte du président Jacques Robert est que « l’université se laisse enfermer dans le cadre d’une université unipolaire, ultra spécialisée dans un seul domaine comme « certains le souhaiteraient à l’échelle nationale, voire régionale »[6]. Il ajoute : « pour ma part, je suis persuadé que l’avenir de chaque université est fonction du niveau de ses recherches ».
En mars de la même année, le président annonce cependant une bonne nouvelle : « la dotation annuelle pour la recherche est en nette augmentation (+24,46 %), avec des cadres d’application moins stricts, c’est-à-dire allant dans le sens d’une plus large autonomie »[7].
