Les lettres patentes royales accordant le transfert de l’Université de Dole à Besançon stipulent que le Magistrat de la ville doit fournir à cet usage un hôtel particulier avec « les salles et chambres convenables pour les auditoires, leçons et assemblées dudit collège et les pourvoir de chaire, bancs et bureaux nécessaires ». Après quelques hésitations, la ville loue trois salles du monastère des Grands Carmes, attenantes à l’église des religieux. Cette solution provisoire va perdurer un siècle ! Les Pères Carmes accueillent cette cohabitation forcée avec réticence, ils murent même une porte pour tenter d’y échapper. La ville propose un loyer modique de quatre-cent-quarante livres par an qui est porté à cinq-cent-quarante livres en 1724 lorsque les Carmes consentent à ajouter dans le bail une cave située sous la salle de théologie. Transformée en amphithéâtre et salle de dissection, elle est accessible par un escalier installé entre la grande salle et la salle de théologie.
Si l’unique portail débouche au cœur de la ville dans la Grande Rue, il donne aussi accès à la sacristie et au cloître des religieux. Passé ce portail, pour accéder aux salles universitaires, il faut parcourir, sur plus de quatre-vingts mètres, une succession de couloirs, de petites cours et deux portes larges d’à peine quatre-vingt-dix centimètres (trois pieds). Lors des principaux cours, des assemblées, examens ou soutenances de thèses, une, deux voire trois centaines d’étudiants, auditeurs et enseignants provoquent une belle cohue dans ce dédale !
Les salles sont bien trop exiguës pour accueillir le public de certains cours, des soutenances de thèses et des concours de recrutement. La plus vaste, longue de dix-sept mètres et large de moins de dix, comporte de grands bancs tout autour de la pièce et six plus petits au centre, la chaire professorale se situe dans un angle. La salle de théologie forme un carré un peu irrégulier d’environ dix mètres de côté. Une vingtaine de bancs font, pour la plupart, face à la chaire. Contigüe aux chambres des Carmes, la dernière salle mesure environ douze mètres de long sur six et demi de large. Des cloisons de bois la subdivisent en trois espaces : au fond, le local des archives, la bibliothèque et le vestiaire des professeurs ; au milieu, une petite salle de cours et, à l’entrée, une chambre dite « des conseillers ». Fondée en 1701 par une donation de Jean Girard, professeur de théologie, la bibliothèque, s’enrichit grâce à d’autres dons et des achats financés par le versement annuel de cinquante écus de l’imprimeur de l’Université.
A juste titre, les professeurs ne cessent de se plaindre de la médiocrité de ces locaux, insuffisants, humides, mal éclairés par quelques étroites ouvertures donnant sur la ruelle des Carmes, une cour intérieure ou le jardin des Carmes. Un rapport, en 1738, révèle que ces fenêtres sont « pourries et que les vitres ne tiennent plus », les cheminées fonctionnent mal et la fumée envahit les salles, les bancs sont « vieux et caducs », certains étudiants « ne peuvent ni écrire, ni être assis ». L’Université doit effectuer à ses frais l’entretien des locaux. Les élus bisontins rechignent à pourvoir de façon décente aux besoins de l’université dont il a fallu payer cher le transfert[1]. La ville est en permanence très endettée, ses ressources sont médiocres et son budget presque toujours déficitaire. Pour compléter ses enseignements, la faculté de médecine revendique de son côté l’usage d’un local de dissection anatomique et d’un jardin botanique équipé d’un pavillon pour loger le jardinier. Le jardin tout d’abord fourni par les Carmes s’installe ensuite sur un terrain acheté par la ville, rue Saint Vincent, à l’emplacement du théâtre de Ledoux. Une salle de dissection est aménagée sous la salle de théologie mais elle est peu commode, une autre existe à l’hôpital Saint-Jacques.
À de nombreuses reprises, l’Université tente d’obtenir de nouveaux locaux, proposant, par exemple, de louer les lieux que l’abbaye des Trois Rois possédait dans la Grande Rue. En 1722, l’Université suggère d’occuper les vastes possessions de l’abbaye bénédictine de Saint Vincent[2] qui, ont en outre, l’avantage de posséder deux riches bibliothèques. Mais les Bénédictins ne l’entendent pas ainsi au moment où ils entament une rénovation de leurs bâtiments. De guerre lasse, la ville propose de construire un bâtiment rue Saint Vincent. En 1716, elle achète le terrain mais faute de finances, les travaux, débutent seulement en 1740 et restent à l’état d’ébauche[3]. Un autre projet, rue Neuve[4], suggéré par l’intendant Lacoré en 1773, reste également sans suite.
Ainsi, la Ville, qui n’a jamais pu tenir pleinement ses promesses, contraint l’Université à rester confinée dans des locaux exigus et insuffisants pendant plus d’un siècle. Dans ces conditions difficiles, son rayonnement et son maintien à Besançon restent précaires.
